הרב אליקים לבנון, ראש הישיבה ורב היישוב אלון מורה, מיצר על ההידרדרות החמורה של מערכת הגיור בישראל, "זהו מצב ירוד שהגיע לתחתית השפל, אנשים שלא מתאימים לתפקידם ושלא מתאימים לרוח היהדות, מופקדים על עבודת הקודש הזאת, חבל מאוד שזה נמסר לידיים לא טובות ולא מתאימות לתפקיד". לדבריו מערכת הגיור נמסרה לידיים לא נאמנות, "בעבר זה היה באחריות משרד המשפטים, עכשיו זה עבר למשרד ראש הממשלה, באמתלה שזה יקל על התהליך, אבל בפועל הכל נרמס ואנחנו מפסידים. יש היום מכון אחד שעובד מטעמם, מכון שיש שם רפורמים, המכון ללימודי יהדות, הם היחידים שמקבלים את התקציבים והם גם עובדים בצורה הכי פחות יעילה, שלא לדבר על כך שהם רחוקים מאוד מדרך ישראל ורוח ישראל סבא. אלו שעומדים בראש מכון הגיור הזה עובדים בצורה טכנית בלבד, תהליך הגיור כולל התחברות ערכית לעם ישראל ולא קיום תורה ומצוות, בפועל הם לא מצליחים לגייר אנשים, כי אם גוף מזלזל בעצמו, אז גם האנשים מזלזלים בו. לצערי מדינת ישראל מפנה לגוף הזה את כל המתגיירים ודווקא מכונים אחרים שעושים עבודת קודש, לא מקבלים תקציבים". הרב לבנון, קורא למבקר המדינה לחקור את הנעשה במערך הגיור במשרד ראש הממשלה ובמכון ללימודי יהדות, "משקיעים שם הון עתק ולא עושים דבר, אני קורא למבקר המדינה לבדוק מה קורה במכון הזה, איך שופכים שם כספי ציבור". לטענתו, המכון ללימודי יהדות מפעיל לחץ גם על בתי הדין כדי לגייר אנשים שלא עומדים בדרישות, "לצערנו בתי הדין עומדים בלחץ נוראי לגייר גם אנשים שאין להם הכשרה מתאימה, יש שם דיינם יראי שמיים, אבל חלקם נשברים תחת הלחץ, לוחצים עליהם להראות תוצאות בשטח. במכון הזה לא מבינים שלגייר אדם, משמעותו לקחת לא יהודי ולהביא אותו לרצון אמיתי לשמור תורה ומצות, בלי זה אין גיור, זאת גם הסיבה שחברי וועדת הבדיקה שהוקמה על ידי הרבנות התפטרו". לדבריו הגענו לשעה קשה ביותר ודרושה נחישות מצד הרבנים הראשיים, "זה לא חילונים נגד דתיים, אלא גופים עולמיים חזקים כמו הרפורמים והקונסרבטיבים שמכניסים אנשים כרוחם. אני קורא לרבנים הראשיים לישראל, הראשון לציון הרב עמר, והרב הראשי הרב מצגר, שליט"א, לקחת אחריות, להרים את הדגל ולהתייצב בראש המאבק, שירימו את הכפפה, כי זו מלחמה קשה, אנחנו כולנו נסייע להם במאבק החשוב הזה".
