שר המשפטים יוכל להטיל וטו על חנינות שהעניק נשיא המדינה, כך קבע היום הרכב מורחב של תשעה שופטים של בית המשפט העליון. על פי ההחלטה, לשר תהיה סמכות לבקר ולפקח במידה זהירה על החלטות של נשיא המדינה לחון אסירים. תשעת השופטים קבעו כי עקרונות היסוד של המשטר בישראל מחייבים קיומם של הליכי בקרה וביקורת על סמכות החנינה של נשיא המדינה המוצאים ביטוים בחתימת הקיום של שר המשפטים. בית המשפט קבע כי על אף היקפה הרחב וייחודיותה של סמכות החנינה יש לראותה על רקע עקרונות היסוד של שיטת המשטר והדמוקרטיה בישראל, המחייבים הליכים של בקרה וביקורת על הפעלה של כל סמכות שלטונית, ובכלל זה, הפעלת סמכות החנינה על ידי נשיא המדינה. בית המשפט ציין כי דווקא ייחודיותה של סמכות החנינה – שהפעלתה כרוכה בשיקולים לבר-משפטיים של חסד ורחמים; סמכות שלא חלה עליה חובת הנמקה; סמכות שתוצאתה עשויה להיות התערבות ושינוי פועלן של כל אחת משלוש הרשויות האחרות – היא המחייבת קיום הליך של בקרה וביקורת, המוצא ביטויו בשיקול הדעת המסור לשר המשפטים בהחלטה אם לצרף את חתימת הקיום לחתימת הנשיא על כתבי חנינה או הקלה בעונש. בית המשפט הדגיש כי על אף הקביעה כי לשר המשפטים שיקול דעת בצרפו את חתימתו לחתימת הנשיא על כתבי חנינה אין לשר המשפטים זכות "וטו" בהחלטות חנינה. בית המשפט ציין כי הליכי הבקרה אינם הופכים את שר המשפטים לבעל סמכות שוות ערך לזו של נשיא המדינה, אלא מעמדו הוא כשל רשות המסייעת לנשיא המדינה, ואשר בכוחה, במקרים חריגים, למנוע את הוצאת החנינה אל הפועל. לפיכך, בית המשפט קבע כי על שר המשפטים להפעיל את סמכותו בכפוף לכך שהסמכות הראשית נמסרה לנשיא המדינה. על כן, נקבע כי האפשרות של שר המשפטים לסרב לצרף את חתימת הקיום צריכה להישמר לאותם מקרים חריגים ויוצאי דופן. בית המשפט עמד על כך שהליכי ההחלטה בבקשות חנינה בישראל מבוססים ברובם על מערכת מנהגים שהתפתחו במשך השנים. בית המשפט ציין, אם כי לא הכריע בדבר, כי ייתכן שניתן לראות במערכת מנהגים זו, המבטאת את הפרשנות והיישום של חתימת הקיום לאורך השנים, משום "מוסכמה חוקתית" הקובעת דרך התנהגות מחייבת של רשויות המדינה וממלאי התפקידים בה. השופט אדמונד לוי הצטרף לעמדת הרוב וציין כי מנגנון הבקרה שמור אך למקרים בהם החלטת החנינה התקבלה מתוך שיקולים זרים, שלא בתום לב או בחריגה מסמכות. השופט יורם דנציגר, בדעת מיעוט, סבר כי סמכות נשיא המדינה לחון נידונים היא סמכות ייחודית של הרשות המחוננת והיא נועדה להקנות לנשיא המדינה בתחום זה חופש מלא להחליט כרצונו ולפי מיטב הבנתו. מטרת חתימת הקיום, לגישת השופט דנציגר, היא אך להבטיח כי מלוא המידע הרלוונטי להחלטתו של נשיא המדינה הועבר לעיונו וכי לא נפלו בו שגיאות כלשהן. לפי גישה זו, משעה שהונח כל החומר הרלוונטי בפני הנשיא, והיה והחליט להיעתר לבקשת החנינה, שר המשפטים מחויב להוסיף את חתימת הקיום ואין לו כל שיקול דעת בעניין זה.
