לקראת ההצבעה הצפויה במליאת הכנסת על חוק הגיור הצה"לי התקיימה הלילה ישיבת התייעצות מיוחדת בביתו של הרב עובדיה יוסף כשעל הפרק החשש שהצבעה נגד החוק אותו מובילה 'ישראל ביתנו' תוביל לקרע קואליציוני העשוי להביא עד לכדי פירוק הממשלה. במהלך ההתייעצות הוצגה בפני הרב עובדיה יוסף ההתלבטות לפרטיה והרב הביע באוזני שרי ש"ס את תמיכתו בחיילי צה"ל ואת הצורך לפתור את הבעיה הטכנית, כהגדרתו, של בעיית הגיור. עוד ביקש הרב עובדיה יוסף לאפשר לראשון לציון, הרב שלמה עמאר, המכהן כראש בתי הדין לגיור, למצוא את הפתרון הטכני לבעיה. נזכיר כי עיקרה של המחלוקת היא במעמדו של הרב הצבאי הראשי כסמכות אחרונה בגיור, כפי שהייתה ההתנהלות עד כה, או בחובה של כל גיור וגיור לקבל את הגושפנקה הסופית מהרב עמאר. לאחר שהוברר לבית המשפט שלכאורה אין די בגיור הצה"לי ביקש הרב עמאר להקים ועדת רבנים מטעם מועצת הרבנות הראשית וזו תבחן אם אכן מתנהל הגיור הצה"לי תחת אמות מידה וכללים הנהוגים בבתי הדין הרבניים הרגילים. כזכור, רבני הוועדה התפטרו מתפקידם זמן קצר לאחר הקמתה, ומאז לא הוקמה ועדה חלופית. לפני ימים אחדים קבע הרב עמאר ביומן ערוץ 7 כי בקרוב תוקם ועדה שכזו ועד אז אין לאכוף כללי גיור לא בדוקים על מערך הגיור הכללי, אלא להמתין לביצוע השלב הפרוצדוראלי שיאשרר את מערך הגיור הצה"לי ויקבע שאכן לימודי הגיור, מבחני הגיור וכיוצא באלה מתנהלים כדין. ככל הנראה בקשתו של הרב עובדיה יוסף לאפשר לרב עמאר להשלים את ההליך הטכני להסדרת נושא הגיור הצה"לי מתייחסת להקמתה המחודשת של אותה ועדה, אך ספק אם ניתן יהיה לשכנע את אנשי 'ישראל ביתנו' ובראשם את יוזם ההצעה, חבר הכנסת דודו רותם, שלא להעלות את ההצעה להצבעה כבר היום (ד'), לאחר ששוב ושוב הוא טוען שבכוונתו לעמוד בדיבורו ולהעלות את ההצעה להצבעה. יצוין כי במהלך הדיון בבית הרב עובדיה יוסף אמרו שרי ש"ס כי אין בכוונתם לאפשר ל'ישראל ביתנו' לפלג את העם, להטיל דופי בחיילי צה"ל ולייסד מערך גיור מוחלש. בש"ס מבהירים כי "הניסיון של ישראל ביתנו להפוך את חיילי צה"ל לכלי שרת בידי הצרכים הפוליטיים שלהם הוא ניסיון ציני המשקף פוליטיקה זולה". לדבריהם המגמה העומדת מאחורי מהלכיהם היא להותיר את מערך הגיור הישראלי אחד ויחיד ולא לאפשר להפוך בעיה טכנית לשסע בל יתוקן. בהקשר זה ראוי להזכיר דברים נוספים של הרב עמאר ביומן ערוץ 7 ובהם הסביר כי הוא רואה בהצעת החוק הזו ביזוי לחיילי צה"ל המתגיירים כיוון שיש במהלך לכאורה כדי להקים עבורם מערך גיור נוח וקל יותר, ובכך יש אמירה ציבורית כאילו מעמדם כיהודים נחות יותר. בדבריו רמז הרב עמאר לכך שהדברים יכולים להוביל לדברים קשים בהמשך הדרך ונראה שכוונתו היא למציאות בה חלק מהעם לא יכיר בגיורים של חלק אחר ובכך עשוי הדבר לגרום לפילוג ארוך טווח וחסר תיקון.
