הורים רבים בציונות הדתית אינם מודעים לכך אולם אחת הבעיות הגדולות של החינוך הדתי היא תקצוב לימודי הקודש. מוסדות החינוך הדתיים חשים חובה להציג בפני ההורים היצע של שעות לימודי קודש מגוונים שהרי זהו ייחודו של החינוך הממלכתי דתי, אולם תקצוב שעות אלה אינו מוסדר. עד כה כדי להשיג מימון לשיעורי הקודש, המהווים כאמור, חלק משמעותי מאוד ממכלול שעות הלימוד בבתי ספר אלו, נאלצו מנהלי בתי הספר להיות יצירתיים במיוחד ולעיתים אף להתחנן במהלך השנה לקבלת תקציב עבור שעות לימוד להן התחייבו בראשית השנה. בעיה תקציבית זו כוללת גם את ההגשה לבגרויות במקצועות הקודש מעל 3 יחידות לימוד, ומקורה של בעיה זו הוא סגירת משרד הדתות שהיה אחראי לתקציב זה. מאז סגירת המשרד התקצוב אינו מוסדר, ובג"ץ אינו מתיר תקצוב מוסדר של לימודי הקודש הנוספים, בשל הטענה לשוויון. לא ייתכן, קבע בג"ץ, שבית ספר דתי יקבל יותר שעות מבית ספר חילוני, וזאת על אף שבית הספר החילוני, פשוט אינו מעוניין בשעות קודש נוספות. בכנס שהתקיים בנושא אמש, הודיע שר החינוך גדעון סער שמעתה יתוקצב הנושא באופן מוסדר דרך משרדו. זאת לאחר מאמץ מרוכז של העומד בראש החמ"ד ד"ר אברהם ליפשיץ, שר החינוך, וחברי הסיעות הדתיות בכנסת. כעת, על פי הבשורה שעליה דיווח השר סער, נמצא לנושא פתרון מוסדר, והכספים יועברו לבתי הספר הדתיים מראש. עם זאת ראוי לציין כי מה שלא צוין בכנס הוא שהתקצוב יספיק לשנה אחת בלבד, ולא ברור כרגע האם יהיה לו המשך. יעקב פרידמן מנכ"ל רשת צבייה, ציין בהקשר זה: "הסיעות הדתיות ביחד עם ד"ר שושני, הצליחו לשכנע את משרד החינוך, שאין הבדל בין תגבור תקציבי של לימודים ל 5 יח"ל מתמטיקה, לתגבור של 5 יחידות במחשבת ישראל, ועל כך אנחנו מברכים. הסיוט שהיה צריך לעבור מנהל בית ספר בכל הקשור לשעות הקודש, ומציאת מקורות לתיקצובם, לא היה במקומו ואנו מברכים על השינוי המבורך ומקווים שיהיה לו המשך". עוד התייחס שר החינוך במהלך הכנס לשיפור ניכר, כלשונו, במערכת החמ"ד מאז כניסתו של ד"ר ליפשיץ לתפקיד ראש המנהל, אולם עם זאת ציין את הציונים הנמוכים של תלמידי ישראל במבחנים הבינלאומיים במקצועות הריאליים, וקרא למנהלי בתי הספר לשים דגש על המקצועות הריאליים ולא רק על מקצועות הקודש. סוגיה נוספת שעלתה במהלך הכנס היא סוגיית הבחינות האחידות לישיבות התיכוניות ולאולפנות. מסתבר שהורים רבים אינם מודעים לכך אך כבר ביום ראשון הקרוב תסתיים ההרשמה לבחינות הללו. בכדי לאפשר הרשמה עד הרגע האחרון, הרשמה המתבצעת דרך אתר האינטרנט של משרד החינוך, יאפשר המשרד הרשמה במהלך יום ראשון כולו. יצוין כי המבחנים האחידים טורדים את מנוחתם של רבים ממנהלי מוסדות התיכון בחינוך הממלכתי דתי. אלה חוששים שמא הפיקוח על רמת המתקבלים ורמת הבחינות לא תהיה כבעבר והמוסדות יפגעו מהמהלך. המפקחת הארצית של החמ"ד, דסי בארי, השתדלה להרגיע את ראשי האולפנות והישיבות התיכוניות וציינה בפניהם שאף שבחינות הכניסה אוחדו, והתלמידים יקבלו את ציוניהם באותו יום, לא יפגע איחוד הבחינות ברוחו ובדרכו של כל מוסד לימודי וכי עדיין יתאפשרו וריאציות שונות של ניהול ודרך חינוכית.
