דו"ח מיוחד של מבקר המדינה חושף אי סדרים בניהול ההקדשות עליהם מופקד בית הנשיא, זאת למרות ההחלטה להוציא ניהול הקדשות מבית הנשיא.
בין השאר מציין המבקר את הקדש עמו"ס שהפקיד הנשיא שז"ר, ואשר הונו העצמי היה מאה אלף דולר, ועל פי שטר ההקדש מותר היה להשתמש רק בפירותיו, אולם כיום מופקדים בו 3,000 דולר בלבד.
המבקר מציין כי גם הטיפול בהקדש קציר היה בעייתי. באוקטובר 1994 העניק הקדש קציר למוסד מסוים תמיכה בסך 100,000 ש"ח. בפברואר 1995 העביר ההקדש למוסד זה סכום נוסף של 50,000 ש"ח. על-פי הפרוטוקולים של ההקדש, סכומים אלה ניתנו בהתאם לסיכום עם מנכ"ל בית הנשיא דאז, מר אריה שומר, שהסכומים יוחזרו להקדש מתקציב בית הנשיא.
ביולי 1995 העביר ההקדש 100,000 ש"ח לנזקקת, עובדת לשעבר של משרד החינוך. על-פי פרוטוקול ההחלטה סכום זה ניתן בהתאם לסיכום עם משרד האוצר, שלפיו הוא התחייב להחזיר להקדש את הסכום. ממכתב תזכורת מאוגוסט 1996 של הממונה על מחלקת פניות הציבור דאז למר שומר עולה כי "האוצר עמד בהסדר והעביר את הכסף ללשכת הנשיא"; הממונה על מחלקת פניות הציבור ציינה עוד כי "עד היום הכסף לא הועבר לקרן, למרות פניותיי הרבות".
באפריל 2003 ציינה מחליפתה של הממונה על מחלקת פניות הציבור על גבי המסמך כי "הסכום לא הוחזר לקרן הנשיא למרות מכתב זה [הכוונה למכתב התזכורת] ו[למרות] התרעותיי בעל פה בפני המנכ"ל, שומר והחשב".
מהאמור עולה חשש כי בית הנשיא לא החזיר את 250,000 ש"ח להקדש, על אף שהתחייב לכך, ואף שנטען כי קיבל החזר כספים ממשרד האוצר. מבדיקת מאזני ההקדש עולה כי לא רשומה בהם יתרת חוב של בית הנשיא להקדש. המשמעות המעשית של הדבר היא שההקדש ויתר לבית הנשיא על החוב. לדעת משרד מבקר המדינה, על בית הנשיא ועל משרד האוצר לקיים בירור לגבי כספים אלה ולהשיבם להקדש.
עוד מציין המבקר, כי קיים טעם לפגם במימון אירועים אותם יוזם בית הנשיא מתרומות, למרות שאופיים העיקרי הוא ממלכתי.
"במאי 2008 נערכה בירושלים ועידת "נשיא ישראל 2008 - פונים אל המחר". הוועידה מומנה באמצעות תרומות. מהביקורת עולה כי הוועידה הייתה אירוע ממלכתי, והיה ראוי שימומן מתקציב המדינה", קובע המבקר.
נושא נוסף בו נוגע הדו"ח הוא דרך העסקת העובדים בבית הנשיא. לדברי המבקר, "בית הנשיא הצהיר במהלך השנים כי אימץ את הוראות התקשי"ר, אך בפועל חרג מחוק המינויים ומהתקשי"ר בעניינים רבים. לא היה לו תקן כוח אדם, הועסקו בו עובדים בצורות שונות ולא מקובלות, ולא התקיימו בו מכרזים לקבלת עובדים".
הדו"ח קובע, כי "השירות הציבורי מושתת על עובדים קבועים המתמנים באמצעות מכרז. החריגים לכך הם העובדים המועסקים במשרות אמון שאיושן איננו מחייב קיום מכרז והעסקתם מסתיימת עם סיום כהונת הנבחר. נמצא כי מינויים בתקופה המבוקרת לא היו תקינים: עובדים מונו ללא מכרז, משרות אמון אוישו ללא קביעת מסגרת של כמות המשרות, יועצים בחוזה קבלן ויועצים בהתנדבות מונו שלא בהתאם לעקרונות החלים בשירות המדינה, ומינוי בפועל הוארך לתקופה של למעלה משנתיים".