הוועדה הרעיונית-מדינית של הקיבוץ הדתי, קיימה בחודשים האחרונים דיון נוקב בשאלת קשרי הקיבוץ הדתי ומוסדותיו עם 'הקרן לישראל חדשה'. לדיון הוזמנו פרופ' אלישע האס בן שדה אליהו, שבנוסף לעבודתו המחקרית במעבדות מדעי החיים באוניברסיטת בר-אילן, מכהן גם כיו"ר חוג הפרופסורים לחוסן מדיני, ושמואל שטח מנכ"ל תנועת "נאמני תורה ועבודה". הוועדה שמעה דעות שונות ומגוונות, כולל חברים המתנגדים בחריפות לפעילות הקרן. מזכ"ל התנועה הקיבוצית, נחמיה רפל, סיפר לערוץ 7 כי הקרן תומכת רק במוסדות התנועה כגון 'קרן הרצוג' ו'נאמני תורה ועבודה' ולא בתנועה עצמה. לדברי רפל, מוסדות אלו רוצים להמשיך בקבלת התקציב, אך הקיבוץ הדתי החליט להפסיק להיתמך על ידי הקרן. "במשך כמה חודשים העלו חברים מקיבוצים שונים, את סימן השאלה אודות נכונות קשרי התנועה עם הקרן לישראל חדשה. הדיון תפס תאוצה לאחר פירסום הקשר של הקרן עם דו"ח גולדסטון, זאת למרות שהקשר של התנועה עם הקרן הוא קטן מאוד המסתכם בתמיכה בפעולות נקודתיות שהם מעניינה של התנועה, כמו לימודי יהדות לעולים מברית המועצות. הטענה היתה שמימון פעילות חיובית בקיבוץ הדתי, מהווה עלה תאנה לפעילות שתנועת הקיבוץ הדתי מתנגדת לה מכל וכל". רפל מסביר איך התבצע תהליך קבלת ההחלטות, "במהלך החודשים האחרונים בדקנו את פעילות הקרן והתברר כי גופים רבים נעזרים בה לצורך מימון פעולות חיוביות ובתוכם רשויות מקומיות ומוסדות להשכלה גבוהה. את הכף הכריעה תמיכתה של הקרן בפעולות שהן מוגדרות על ידינו כאנטי-יהודיות ואנטי-ציוניות, כדוגמת הכפשת חיילי צה"ל". "לכן", אומר רפל, "הועדה הרעיונית-מדינית של הקיבוץ הדתי, החליטה להמליץ בפני מזכירות התנועה ומוסדותיה להמנע מלקבל מימון מהקרן לישראל חדשה". החלטת הועדה היתה: 1. הוועדה הרעיונית-מדינית שמעה סקירה על מגמות "הקרן החדשה לישראל" ועל מטרותיה הגלויות והסמויות. הוועדה מברכת על חשיפת יעדי הקרן והתכניות שהיא מקדמת, והיא שוללת את המגמות האנטי-יהודיות והאנטי-ציוניות. 2. הועדה קוראת למזכירות הפעילה של הקבה"ד ולמוסדות התנועה להמשיך ולפעול לקידום ערכים יהודיים ציוניים בהם אנו דבקים, ולהיאבק נגד מגמות סותרות ועוינות ערכים אלה. 3. הוועדה קוראת למוסדות התנועה ולגורמים השותפים עמה להימנע מקבלת סיוע מ'הקרן החדשה לישראל', נוכח מגמות הקרן הסותרות את ערכינו.