מפקדי צה"ל מזהים עצמם כישראלים יותר מיהודים - כך עולה ממחקר ראשון מסוגו שנערך על ידי חיל החינוך והנוער בקרב מדגם מייצג ממפקדי צה"ל, המתפרסם היום באתר האינטרנט של צה"ל. המחקר, פנים-צבאי חדש וראשון מסוגו שנערך ע"י חיל חינוך והנוער, מציג תמונת מצב המשקפת את התפיסות של המפקדים בצה"ל בנוגע לזהותם הישראלית-יהודית. המחקר בחן את קיומם של דפוסים קבועים בתודעת הזהות הישראלית-יהודית של המפקדים והוא אמור לסייע לחיל החינוך להבין טוב יותר את תפיסותיהם החינוכיות של מפקדים בצה"ל, ואת האתגרים הניצבים בפתח. המחקר נערך בתחילת שנת 2009 בהשתתפות 233 מפקדים, מדרגת צוער ועד סא"ל, מהם כשני שליש גברים ושליש נשים. רוב המשתתפים היו יהודים וכאלה המגדירים את עצמם כלא דתיים. איסוף הנתונים התבצע בשיטה כמותית: השאלון נבנה על פי כלי מחקר קיימים בתחום זה, בצירוף שאלות נוספות העוסקות במרכיבי הזהות היהודית: על בסיס מעגלי שייכות, עצם חשיבות העיסוק בתחום זה, ותפיסת השירות הצבאי. רוב המפקדים בצה"ל טענו כי הם יהודים כי כך נולדו. מספר דומה של משיבים טענו שהמשותף לעם היהודי היא ארץ ישראל. מעטים יותר ציינו שהמשותף לעם היהודי הוא תרבות משותפת השונה משאר העמים, ומעטים עוד יותר טענו שלכל היהודים מערכת ערכים משותפת. מרבית המפקדים תופסים את השירות בצה"ל כרכיב מרכזי בזהותם הישראלית. צה"ל נתפס על ידי המפקדים כקהילה אליה חשים שייכות, בתוך הקהילה הגדולה יותר של מדינת ישראל. על מנת לזהות את מרכיבי הזהות הישראלית, הוצג למפקדים ההיגד: "להיות ישראלי משמעותו...". ואלו הם הממצאים: 62% טענו שלהיות ישראלי פירושו לשרת בצבא, 52% טענו שלהיות ישראלי פירושו להיות גאה במדינה, 46% טענו שלהיות ישראלי פירושו לחיות בישראל ואילו רק 44% טענו שלהיות ישראלי פירושו להצביע בבחירות (החישוב נעשה על פי היקף המשיבים ברמה הגבוהה) כאשר נשאלים המפקדים על אירועים שהשפיעו על גורל העם היהודי ועל גורלם באופן אישי הם מצביעים על השואה כאירוע המרכזי ביותר, הן עבורם והן עבור העם היהודי. במקום השני מצויים אירועים הקשורים בהקמת המדינה. המפקדים אף תופסים את זהותם יותר כישראלית מאשר יהודית, עם זאת ההגדרות "ישראלי" ו"יהודי" אינן מובחנות: ניתן למצוא הקשרי משמעות דומים בכל אחת מן הזהויות. כמו כן, מרחב המשמעויות של הזהות היהודית גדול וברור יותר מזה של הזהות הישראלית. במסמך "יעוד ויחוד" של חיל החינוך אפשר למצוא את ההתייחסות הבאה לזהות: "צה"ל אינו מגדיר "יהדות" מהי או "ישראליות" מהי. מקומן של שאלות אלה הוא ה"מגרש החברתי" ושם הן אמורות להתברר. יחד עם זאת, צה"ל מסתמך על אירועים, מסורות, דעות, סמלים וטקסים שונים מתוך אוצר הזיכרון ההיסטורי היהודי, כדי לגבש את הכרתם הלאומית של המשרתים בו".
