תנועת האחים המוסלמים במצרים תופסת פיקוד על ההפיכה העממית נגד שלטונו של מובארק. בהודעה רשמית שפרסמה משבחת התנועה את "האינתיפאדה המבורכת" וקראת להמשך המחאה לנפילתו המוחלטת של המשטר המצרי בהנהגתו של מובארק, הקמת ממשלה זמנית ועריכת בחירות כלליות. מנהיג האחים המוסלמים, מוחמד בדיע, הדגיש כי תנועתו מסרבת נחרצות לקיים מו"מ עם גורם שלטוני כלשהו, שכן לדבריו השלטון הנוכחי איבד את הלגיטימציה לקיומו. השיח' יוסוף קרדאווי, מראשי הפוסקים המוסלמים בעולם והמזוהה עם האחים המוסלמים, קרא לציבור המצרי להשתתף בהפגנות המוניות נגד המשטר ביום שישי לאחר התפילות במסגדים. עצם ההשתתפות בהפגנות, אמר קרדאווי, הינה "חובה דתית" המוטלת על כל מוסלמי מאמין, שמטרתה להיפטר מ"פרעה" ו"השליטים העריצים". רשאד אל-ביומי, סגן המדריך הכללי של האחים המוסלמים במצרים, הצהיר על כוונת התנועה לבטל את הסכם השלום עם ישראל. בראיון לתחנת הטלוויזיה היפנית המצוטט בעיתון "אל-חיאת" (3 בפברואר 2011), אמר אל-ביומי, כי האחים המוסלמים מתנגדים לחוזה השלום עם ישראל מאחר והוא פוגע לטענתו בכבודם של הערבים ובאינטרסים של מצרים ושאר מדינות ערב. לדבריו, אם תורכב ממשלה זמנית היא תידרש לבטל את חוזה השלום עם ישראל. אלביומי ציין, שהאחים המוסלמים משתתפים בהפגנות הנערכות כנגד הממשלה מאז שהחלו, ושברגע שמובארק יאלץ לפרוש, יפעלו האחים המוסלמים להקים ממשלה זמנית עם שאר מפלגות האופוזיציה. עוד אמר, כי עוינותו לממשל האמריקאי נובעת מכך,שממשל זה תומך בישראל וכי מצרים אינה זקוקה לסיוע הכלכלי האמריקאי. בכיכר תחריר בקהיר החלו לפעול "ועדות עממיות" מקומיות הנאבקות בכוחות הביטחון המצריים, ואשר מזוהות עם האחים המוסלמים. אתר האינטרנט של האחים המוסלמים דיווח על מעצרים שביצעו "הועדות העממיות" בקרב אנשי ביטחון וכן פורסמו צילומים של תעודותיהם. במישור הרשמי מקפידים האחים המוסלמים לשמור על ערוצי קשר עם הצבא וקוראים למפקדיו שלא לפעול נגד המתקוממים נגד השלטון.
