השר מיכאל איתן, אשר עמד בראש המאבק במאגר הביומטרי פנה לראש הממשלה בבקשה לכנס בדחיפות את ועדת השרים ליישומים ביומטריים, על מנת למנוע את הפעלת פיילוט המאגר הביומטרי בנוסח שהוצא. במכתבו, כותב השר איתן כי: "לאחרונה נודע לי כי משרד הפנים שוקד על התקנת צו מכוח סע' 41 לחוק בנדון, במטרה לקבוע תקופת מבחן (פיילוט) להפעלת המאגר הביומטרי. ע"פ דברי ההסבר המופיעים בחוק- "תקופת המבחן תאפשר בחינה מהימנה וקונקרטית בתנאים הקיימים במדינת ישראל של אופן יישום החוק על כל מרכיביו"... בתקופה זו אמורה להיבחן הפעלת המאגר אל מול שורה של היבטים- ציבוריים, טכנולוגיים, תפעוליים וכן היבטים הנוגעים להגנה על הפרטיות. עיון בחוות דעתה של הרשות למשפט טכנולוגיה ומידע במשרד המשפטים מגלה שורה של קשיים מקצועיים וחוקתיים בהפעלת הצו ... בשורה התחתונה סבורים נציגי הרשות כי: "הפיילוט שהוגדר לא יוכל לעמוד בהוראות החוק, ולכן לא יוכל להוות תקופת מבחן לצורך יישום החוק". השר איתן מוסיף במכתבו כי: "עוד יצוין כי חלופה לבחינה בתקופת הפיילוט שהוצגה ע"י פרופ' עדי שמיר ויכולה הייתה לגבש סביבה הסכמה רחבה הוסרה מסדר היום ... לנוכח חשיבותה של הצעת פרופ' שמיר והתמיכה הרחבה לה זכתה, ראוי היה שתובא לבחינת ועדת השרים ... ולא תוכרע בדיונים פנימיים ובחטף..."