צה"ל סירב לממן מרכיבי ביטחון חיוניים סביב גדר איתמר בגלל שהמערכת המשפטית טענה שהגדר אינה חוקית, כיוון שחלקה בנויה על אדמות פלשתיניות פרטיות. כך מגלה גורם ביטחוני בכיר בשומרון. גם אחזקת גדר הביטחון סביב איתמר בוצעה כולה על חשבון המועצה האזורית שומרון, כיוון שהצבא סירב לממן אותה. לדבריו, חלק מהגדר הוקם מכספי פיקוד העורף. המערכת תוחזקה על ידי מערכת הביטחון. כשהגורמים המשפטיים טענו שהמערכת איננה חוקית כי מדובר באדמה פרטית פלשתינית, פיקוד העורף הפסיק את האחזקה השוטפת של המערכת. המועצה התנדבה לממן את המערכת מכיסה בסכום של 100 אלף שקל בשנה. היום המועצה מממנת את האלקטרוניקה של הגדר ואת הדרך, במאות אלפי שקלים. בגלל סירוב הצבא, הקימה המועצה במימונה את הגדר. מרחק הגדר מהבתים מגיע במקומות מסויימים למרחק של חצי ק"מ. נקודת החדירה היתה במרחק של כ-300-500 מטר. כשדרשו ראשי היישוב מהצבא שתקים מערכת משלה, השיבו מצה"ל שרק אם היישוב יעקור את הגדר הקיימת, צה"ל יקים מערכת חדשה. לדברי הגורם הביטחוני, כדי לבצע גדר על פי כללי הצבא, גדר יעילה, צריך להפקיע אדמות סביב כל ההיקף של איתמר. כיום הבניה באיתמר היא עד המ"מ האחרון של אדמות המדינה. בניית גדר בטווח ביטחון יעיל חייבה הוצאת צווי תפיסה צבאיים – אפילו לא הפקעה. מחקירה שביצע צה"ל עולה כי דקה לפני השעה 21:00 חדר מחבל אחד או יותר להתנחלות. המחבלים דילגו מעל הגדר, כאשר נרשמה התרעה אלקטרונית מהגדר. סייר של היישוב שהיה בחדר המבצעים יצא למקום ההתרעה, אך לא איתר חדירה, וכתוצאה מכך החליט שזו הפעלה כנראה של בעל חיים. גורם ביטחוני ששהה במקום החדירה סיפר כי המחבלים לא חתכו את הגדר אלא טיפסו מעליה, ועל כן הסייר לא הצליח לזהות חדירה ולא הזעיק את כוחות צה"ל, הנמצאים במרחק של פחות מקילומטר ממנו. הגורם הביטחוני אומר כי על פי הנהלים, הסיור היה צריך להזעיק את הצבא בכל מקרה, ללא שיקול דעת אם מדובר בחדירה או לא. "הבעיה היא שביישובים איבדו את האמון בצה"ל. גם כשמזעיקים את הצבא פעמים רבות הם לא מגיעים כי בדיוק אין רכב, וכשהם מגיעים זה קורה פעמים רבות באיחור של שעה. ברוב היישובים החליטו 'לוותר' על הצבא מחוסר אמון" – אומר הגורם הביטחוני. בנוסף, צה"ל החליט לאחרונה לצמצם את כוחותיו ביישובים באיזור שכם. באיתמר ישבה עד לפני שנה פלוגה, שצומצמה למחלקה לפני מעל שנה. לאחרונה נמסר למועצה שצה"ל יציב פלוגה אחת בלבד שתהיה אחראית גם על אלון מורה וגם איתמר. בנוסף, מרכיבים חיוניים בגדר לא הושלמו: במקום חדירת המחבלים אין תאורה. ההנחה היא שתאורה מרתיעה חדירה. צה"ל סירב גם לסייע במרכיבי ביטחון שלא מחייבים תפיסת קרקע: באיתמר מוצבת מצלמת 'נץ' טרמית שהוקמה במימון תרומות, אותם השיג בשעתו שלמה מילר הי"ד, שהיה רבש"ץ היישוב ונרצח בפיגוע. הצבא מתחזק את המצלמה והוריד את האחזקה של הגדר והדרך. אולם במצלמה חסרים רכיבים נוספים שהיו יכולים לסייע באיתור החדירה, כמו כיוונון על נגיעה בגדר באופן אוטומטי. מרכיב כזה, אומר הגורם הביטחוני, היה מאפשר לזהות שיש חדירה ולא רק נגיעה. ישנן מצלמות שבהן קיימת אפשרות של עקיבה על סמך גוף חום. במצלמה באיתמר לא קיים המרכיב החיוני הזה.
