ייצוא החברות הישראליות ליפן עלול לספוג זעזוע בעקבות הצונאמי הקשה שפגע ביפן. מדובר בחברות גדולות כמו ישכר, טבע, חברת האופטיקה אורבוטק, מפעלי ים המלח וקומברס. בשנת 2010 ייצאו 540 חברות ישראליות את סחורתן ליפן - כעשרת אלפים מוצרים ושירותים (על פי נתוני הלשכה למסחר). סך כל הייצוא ליפן בשנה שעברה עמד על כ-650 מיליוני דולרים. כלכלנים משערים כי רעידת האדמה ביפן וגל הענק שבה בעקבותיה תדרוש מהיפנים לשנות סדרי עדיפויות ולהפוך את שנת 2011 לשנת שיקום הכלכלה היפנית. צפי שחזור תוצאות הייצוא אמור לחזור למימדים של אשתקד רק בשנת 2012. חברת ישכר מדווחת כי במפעלה ביפן, למרות הנזקים למבנה המפעל, דבר לא אירע לעובדים. בעל החברה סטף ורטהיימר סיפר בראיון לרשת MIG NEWS "בינתיים אין גישה למפעל, ואנחנו מתקשים לאמוד נזקים. כל יפן נפגעה מרעידת האדמה, כולל הלקוחות שלנו". נראה כי ייקח להם זמן לשקם עצמם. ממגני הכור בפוקושימה - חברה ישראלית הכור בפוקושימה גרינפיס חברה ישראלית אחרת Magna, מתעסקת בהתקנת מערכות מיגון בכורים אטומיים, חלקם נפגעו כתוצאה מרעידת האדמה בפוקושימה. לדברי הנהלת החברה, מערכת כזו הותקנה על אחד הכורים, וטרם הותקנה בשלושה הנותרים. החברה גם איבדה קשר עם שני עובדיה היפניים שהיו בזירת הכור בזמן הפיצוץ.
