בשבועות האחרונים החליטה אוניברסיטת יוהנסבורג להטיל חרם אקדמי על אוניברסיטת 'בן גוריון' בבאר שבע. לטענת סטודנטים רבים באוניברסיטת 'בן גוריון', החלטת אוניברסיטת יוהנסבורג הינה תוצאה ישירה של דבריו של פרופסור ניב גורדון לפני מספר חודשים ובעקבות תמיכתם של מרצים נוספים באוניברסיטה. בין השאר כתב גורדון, "הטלת חרם בינלאומי על ישראל היא הדרך היחידה להציל אותה. הדרך המדויקת ביותר לתאר את ישראל היום היא שזו 'מדינת אפרטהייד'. לחץ בינלאומי מסיבי על ישראל זו הדרך היחידה להבטיח שהדור הבא של ישראלים ופלסטינים ושני בני בכלל זה, לא יגדלו במשטר אפרטהייד". סטודנטים מהאוניברסיטה החליטו שלא לשתוק על דבריו של גורדון ובמכתב חריף ששלחו לנשיאת אוניברסיטת בן גוריון, פרופ' רבקה כרמי, הביעו את סלידתם מכך ש"קולות מקרב סגל האוניברסיטה פועלים במסגרת החופש האקדמי בכדי לבודד את האוניברסיטה, ובכך לפגוע בחופש האקדמי שלנו - הסטודנטים", כלשון המכתב. עוד הוסיפו הסטודנטים כי "כחודש ימים לאחר פרסום מאמר זה, החל להתפתח השיח באוניברסיטת יוהנסבורג בדבר החרם על אוניברסיטת בן גוריון". במכתבם מציינים הסטודנטים כי גם פרופ' רחל גיורא, ד"ר ענת מטר ופרופ' צבי רזי מהאוניברסיטה הצטרפו לקריאתו של גורדון. במאמר שפירסמו יחד עם עוד 34 מרצים מאוניברסטאות שונות בארץ כתבו, "קבוצת BOYCOTT מביעה את תמיכתה והערכתה לד"ר ניב גורדון מאוניברסיטת בן-גוריון בבאר שבע על פרסום עמדתו בזכות חרם, מניעת השקעות, ועיצומים נגד מדינת ישראל, כפי שהובעה במאמר דעה בעיתון לוס-אנג'לס טיימס". בסיום המכתב דרשו הסטודנטים, "אנו פונים אליכם כעת כדי שתנקטו עמדה ברורה, מעבר לרמה ההצהרתית, וזאת במטרה להגן על החופש האקדמי באוניברסיטת בן גוריון, ובמדינת ישראל ככלל. נקיטת עמדה ברורה מצד הנהלת האוניברסיטה היא שתבטיח שמקרים מסוג זה לא ישנו בעתיד". על המכתב חתמו למעלה מ-70 סטודנטים ובוגרי האוניברסיטה ממחלקות שונות. במכתב שכתב ליו"ר ועדת החינוך, התרבות והספורט, חבר הכנסת אלכס מילר, הביע ח"כ עתניאל שנלר (קדימה) את סלידתו מדבריו של פרופ' גורדון, "לדעתי האישית כאזרח וכנבחר ציבור, אדם הנהנה מכספי המדינה לא יכול לחתור תחת קיומה ולקרוא להחרמתה ולכן ראוי היה לשקול שלא להעסיקו במסגרת אקדמית ישראלית כל שהיא הנהנית מתמיכת המדינה", כתב שנלר, "אולם באווירה הציבורית המקדשת את זכות 'ביטוי הפרט' על פני 'האינטרס הציבורי' אני סבור כי על אוניברסיטת בן גוריון, לכל הפחות, להפסיק לאלתר את העסקתו במסגרת קורסי החובה הניתנים לסטודנטים ולהשאירו, אם יחפצו בכך, כמרצה אך ורק במסגרת קורסי הבחירה, וכך נימנע מסטודנטים לשמוע דברי בלע כנגד מדינת ישראל, אלא אם כן, יבחרו לעשות זאת במסגרת קורסי הבחירה באוניברסיטה". "לאור הדברים הללו", כתב שנלר, "אני פונה אליך, כיו"ר ועדת החינוך של הכנסת, לכנס את הוועדה לדיון פגרה מיוחד עוד בטרם יעצבו את תוכניות הלימוד האקדמיות של השנה הבאה, על מנת להתרשם ולשמוע את הסטודנטים, ולבחון במשותף עם משרד החינוך והמועצה להשכלה גבוהה את הסוגיה העקרונית של גבולות "החופש האקדמי".