הישיבה התיכונית והאולפנה באלקנה מצטרפים לישיבות בני עקיבא לאחר שהנהלת המוסדות וראש המועצה צדוק זהוראי פנו למרכז ישיבות בני עקיבא בבקשה להצטרף להצלחה. בשנים האחרונות יותר ויותר מוסדות פונים אל מרכז ישיבות בני עקיבא בבקשה שיפרוס את חסותו עליהם. לאחר שבתחילת שנת הלימודים הצטרפו שלושה מוסדות חדשים - ישיבת הדרום, ישיבת ראשון לציון וישיבת כינור דוד, מצטרפים כעת שני המוסדות מאלקנה. הישיבה התיכונית באלקנה הוקמה לפני כשלוש שנים והיא משמשת כמוסד מוביל לכ-200 תלמידים מהסביבה. מטרת הישיבה לקיים מסגרת לימודית וחינוכית, המאפשרת הקניית ערכי תורה וחיים, לא מתוך ניתוק והסתגרות סקטוריאלית, אלא מתוך מעורבות במכלול תחומי החיים של החברה הישראלית: חינוך, מדע, ביטחון, התיישבות וכו'. אולפנת השומרון באלקנה, היא מוסד המשלב מסלול אקסטרני ומסלול פנימייתי. באולפנה כ-380 תלמידות שרובן במסלול האקסטרני ומיעוטן פנימייתיות. למוסד חשוב מאוד לטפח את הנושא החברתי מעבר לתשומת הלב המוקדשת ללימודים לתעודת בגרות ולכן הוא משלב פעילות חברתית רבה ופעילות התנדבותית של הבנות. במרכז ישיבות בני עקיבא מציינים כי "המוניטין של מרכז ישיבות בני עקיבא המסייע ותומך במוסדות הן בתחום החינוכי-חברתי והן בתחום הכלכלי-ניהולי, הוא הסיבה העיקרית לכך שמוסדות חינוך רבים מבקשים כל העת להצטרף גם הם להצלחה".
