בעקבות הדיווח היום בערוץ 7 על הדחת שני צוערי קורס קצינים שבחרו להתפלל שחרית לפני תום זמן התפילה ולא נכנסו לשיעור כפי שהורו להם מפקדיהם, נמסר הערב מדובר צה"ל כי על ההדחה הוחלט לא בשל הסוגיה הדתית שמאחורי המעשה, אלא בשל סירובם של הצוערים לבצע את הפקודה שניתנה להם. נזכיר כי מדובר בפרשה שהחלה בלילה שבין יום י' בניסן לי"א שבו (13/4/2011). חיילי גדוד "גפן" של קורס הקצינים שבו מניווט לילי שהסתיים לפנות בוקר. בבוקר אמורים היו החיילים לקום לשיעור, אולם בטעות ההשכמה המוקדמת לחדרם של חמישה חיילים, בהם שלושה דתיים, לא התרחשה וכשהתעוררו יחד עם שאר הצוערים לא נותר זמן מספיק לתפילה טרם השיעור. השניים הודיעו למפקדיהם שבכוונתם לצאת לתפילה אולם הם סורבו ונאמר להם שעליהם להיכנס לשיעור יחד עם שאר חבריהם לקורס. הבוקר הובאו השניים למשפט בפני המח"ט. לאחר שתוארו כחיילים מצטיינים שציוניהם גבוהים תמכו המפקדים הזוטרים יותר בהשארתם בקורס, אולם הבכירים יותר המליצו להדיחם. המח"ט החליט לקבל את עמדת הבכירים יותר והורה להדיחם. בערוץ 7 שוחחנו הבוקר עם רב האגודה למען החייל התורני שתיאר את השתלשלות האירועים ותהה כיצד מתיישבת ההחלטה עם דברי ראש אכ"א מלפני מספר חודשים ולפיה המסגרת מתאימה לצורכי החייל הדתי, אולם כאמור בצה"ל רואים בהחלטת ההדחה תגובה לסירוב הפקודה ולא לעצם בחירתם של החיילים להתפלל. בתגובת דובר צה"ל נאמר כי "מדובר באירוע פיקודי בו שני צוערים סירבו פקודה והלכו בניגוד להחלטת מפקדיהם לתפילה. ברשות הצוערים להגיש ערעור על ההחלטה מול מפקדיהם כפי שעשה צוער נוסף אשר עמד בפני אותה הדילמה". עוד הוסיפו בצה"ל ואמרו כי "לאחר בדיקת הנושא, הצוערים הודחו מן הקורס. כל ניסיון לקשור מקרה זה ליחסי דת-צבא לא מקובל ומיותר לחלוטין". בתגובה לדברי דובר צה"ל אומרים באגודה למען החייל התורני כי "לצערנו, צה"ל נטש בתגובתו את פרטי המקרה ואת הויכוח העקרוני, ועבר לניסיון נלעג להגן על כבודו. גם בקרב השופטים אין עוררין על כך שהפקודה המדוברת היתה בלתי-חוקית. לקצונה הבכירה בצה"ל חסר הרבה ידע בסיסי ביהדות, ומתוך כך עיוותו את משפטם של החיילים. בולט הדבר במיוחד בבה"ד 1, שם לא מקבלים החיילים זמן לתפילה ומתעמתים עם מפקדיהם בכל פעם מחדש על שמיעת שירת נשים". עוד אומרים באגודה כי בכוונתם לא לנוח ולא לשקוט "עד שצה"ל יפנים שפקודותיו של השולחן-ערוך חשובות יותר מפקודות קצין, בכל דרגה שהיא". כמו כן מציינים שם כי "עם פרסום הכתבה בערוץ 7 התקבלו טלפונים למזכירות האגודה על בעיות נוספות בנושאי דת שונים מחיילים בחיל הים ובשח"ר".