במערכת הביטחון שוררת דאגה מעתיד שיתוף הפעולה הביטחוני בין צה"ל למנגנוני הביטחון הפלשתינים ביו"ש, בעקבות הסכם הפיוס בין הפתח' והחמאס. מדיווחים שהגיעו מקהיר עולה שההסכם עוסק בין היתר בשחרור אסירים פוליטים ובהקמת ועדה ביטחונית עליונה משותפת – נקודת מחלוקת שעיכבה את החתימה על ההסכם שבועות ארוכים. בצה"ל שוררת דאגה מסעיף זה, שכן שיתוף הפעולה הביטחוני עד כה בין צה"ל למנגנוני הביטחון הפלשתינים, התבסס על האינטרס המשותף של ישראל והרש"פ למנוע את צבירת כוחו הצבאי של החמאס. ברשות הפלשתינית הבינו שרק שיתוף פעולה עם ישראל, הוא המונע מהחמאס להשתלט על יהודה ושומרון, כשם שהשתלט על הרצועה אחרי הנסיגה הישראלית. כעת מוטרדים בצה"ל מה יהיה על עתיד הקשרים הביטחוניים כשהחמאס יפסיק להיות האוייב של הרש"פ ויהפוך למעשה לבעל בריתו. על שיחות הפיוס בקהיר ניצח ראש המודיעין המצרי החדש, מוראד מוואפי, שקודמו עומר סולימאן ניסה ללא הצלחה לגשר על הפערים בין התנועות. המודיעין המצרי פרסם הודעה לפיה הדיונים שנערכו בין הפלגים בקהיר הובילו להבנות מלאות על כל נקודות המחלוקת שנידונו. ההסכם קובע כי תוקם ממשלה פלשתינית זמנית וייקבע תאריך לבחירות כלליות. על ההסכם יחתמו בשבוע הבא, ככל הנראה, יו"ר הרשות הפלשתינית אבו-מאזן, וראש הלשכה המדינית של חמאס, חאלד משעל. מוסא אבו מרזוק, סגן ראש הלשכה המדינית של חמאס ונציגה הבכיר לשיחות, אמר כי כחלק מההסכם יבוצע ארגון מחדש באש"ף, כדי לאפשר את הצטרפות חמאס לתוכו.
