בניגוד להסכם בין ממשלות ישראל ורוסיה ולמרות העמדות החד משמעיות של משרד החוץ ועיריית ירושלים בעד הישארותה של החברה להגנת הטבע במתחם חצר סרגיי, נציגי הרוסים דורשים מהחברה להגנת הטבע להפסיק את פעילותה הציבורית במקום, ממנה נהנים עשרות אלפים מתושבי ירושלים מדי שנה וכמויות גדולות של תיירים, ולפנות את הקהילה מהחצר. בחברה להגנת הטבע מסבירים כי משמעות הדרישה היא הפרה בוטה של ההסכם בין שתי המדינות וכי הפסקת הפעילות תהווה פגיעה אנושה בתושבי העיר ובזכויותיה של החברה להגנת הטבע במקום. קהילת ירושלים של החברה להגנת הטבע נמצאת בחצר סרגיי משנת 1974 ומקיימת שם מגוון רחב של פעילויות חינוך, סביבה ותיירות, עבור כלל הציבור בירושלים והסביבה ולמען התיירים הרבים הפוקדים את החצר באופן קבוע. לאחרונה נפגשו נציגי הרוסים עם מנכ"ל החברה להגנת הטבע, קושה (משה) פקמן, ודרשו ממנו באופן חד צדדי לפנות את הקהילה מהחצר בתוך חודשים ספורים. זאת, כאמור, בניגוד גמור להסכם בין ממשלת ישראל לממשלת רוסיה. במסמך רשמי של משרד החוץ, שנכתב רק לאחרונה נכתב: "משרד החוץ מבקש להזכיר את ההסכם מדצמבר 2007, שקבע כי לא יהיה כל שינוי בדיירים הנוכחים בחצר, שימשיכו את פעילותם במקום עבור הציבור. מעבר לכך, כל שינוי הנוגע לדיירים במקום ייעשה בתיאום בלבד בין שתי הממשלות". גם עיריית ירושלים, כאמור, תומכת באופן חד משמעי בהישארותה של החברה להגנת הטבע במקום ובהמשך פעילותה הציבורית עבור תושבי ירושלים. יש לציין כי החברה להגנת הטבע השקיעה במהלך השנים משאבים רבים בפיתוח החצר ושימורה למען כלל הציבור. כך, למשל, נבנה אולם הרצאות, אשר משמש ללימוד קורסים בנושאי סביבה ובנושאי ירושלים. בתגובה לדרישה זו, פנתה החברה להגנת הטבע לנציגי הרוסים במכתב בו נכתב: "הדרישות... עומדות בסתירה גמורה למה שנקבע בהסכם בין ממשלת ישראל וממשלת רוסיה ואינן מתיישבות עם התחייבויות מהותיות שהממשלה הרוסית קיבלה על עצמה באותו ההסכם". פזית שביד, מנהלת קהילת החברה להגנת הטבע בירושלים וסביבתה: "חצר סרגיי היא אחת משכיות החמדה של ירושלים וללא ספק מהמתחמים המקסימים בעיר. לחצר ולפעילויות של החברה להגנת הטבע, המתקיימות באופן שוטף כל השנה, מגיעים עשרות אלפים מכלל תושבי העיר והארץ, מכל דת, גזע ומין וכן כמויות עצומות של תיירים. אנשים מגיעים לגינה, מסתובבים פה ונהנים מהגן ומהכלים העתיקים המוצבים במתחם, המהווה פנינת חן שקטה ושלווה בלב העיר הסואנת. משמעות הדרישה החד צדדית היא פגיעה בעשרות אלפי אזרחים ותיירים, אנחנו מקווים כי משרד החוץ ועיריית ירושלים יעשו ככל יכולתן למנוע את הפגיעה המיותרת בתושבי העיר".
