ליקויים כבדי משקל מגלה מבקר המדינה, השופט בדימוס מיכה לינדנשטראוס, בתחום הפיקוח על מכוני הרישוי ועל המוסכים (המורשים והבלתי מורשים) ובתחום סדרי האכיפה של המשרד. בין השאר הוא מתייחס גם לסוגיה שעלתה בהרחבה לפני חודשים אחדים בערוץ 7, ובה דיווחנו על ניגוד אינטרסים במכוני הרישוי המוכרים ציוד רכב לאחר פסילת אביזרים בידי עובדי המכון עצמו. המבקר קובע בדו"ח שלו כי "משרד התחבורה אישר למכוני הרישוי למכור אביזרי רכב. בכך יצר המשרד אצל בעלי המכונים מצב של ניגוד עניינים מובנה בין רצונם להעלות את רווחיהם לבין חובתם למלא בנאמנות את תפקידם על פי סמכויות שלטוניות שהוענקה להם". הוא מציין כי "מכוני הרישוי אמורים להיבדק פעמיים בחודש, ובכל זאת ביולי 2010 נמצא שבחלקם לא נעשו ביקורות במשך חודשים ואף שנים. היעדר פיקוח על מכון כזה תקופה כה ארוכה אינו עולה בקנה אחד עם סדרי פיקוח תקינים". במקביל כותב המבקר כי מתלונות שקיבל משרד התחבורה וממסמכי המשרד מהשנים 2009-2010 עולה כי היו מכוני רישוי אשר אישרו תקינות לכלי רכב לא תקינים. עובדות אלה מלמדות שהמשרד צריך להקפיד על תדירות הביקורת במכוני הרישוי, כפי שקבע לעצמו. מהדו"ח עולה כי מוסכי הרישוי תפקדו כמכוני רישוי לכל דבר, אך משרד התחבורה החיל עליהם את ההוראות המקלות החלות על מוסכי הרישוי. כך נקבעה להם תדירות ביקורת נמוכה: פעם בחודשיים בלבד, זאת לעומת תדירות ביקורת של פעמיים בחודש במכוני הרישוי. עוד כותב המבקר כי "רמת הפיקוח הנמוכה פותחת פתח לרישוי לכלי רכב בלתי תקינים".
