מבקר המדינה, השופט בדימוס מיכה לינדנשטראוס, מקדיש פרק מיוחד לסוגיית אפליית תלמידים בבתי הספר של המגזר החרדי, וזאת על רקע מוצא. המבקר קובע כי המידע על מקרים שכאלה היה בידי משרד החינוך, אך זה העדיף שלא לפעול נגד התופעה. המבקר כותב כי "העדויות המצביעות על החשש לקיומה של אפליה על רקע עדתי בבתי הספר שבפיקוח המשרד היו גלויות למשרד, והיה עליו לבדוק היטב את הליכי הרישום והשיבוץ בבתי הספר. משרד החינוך לא קיים פעולת פיקוח ממשית אשר היה בה כדי להבטיח הליכי קבלה שוויוניים ולא עשה את הדרוש כדי למנוע אפליה. החינוך העצמאי פעל שלא על פי הכללים שקבע המשרד, אשר נועדו להבטיח מיון הוגן של מועמדות, ולא הקפיד לקיים הליכי קבלה בדרך שתמנע מראש אפשרות לאפליה בין תלמידות. הליך קבלה שאינו הוגן ושוויוני עלול לגרום למועמדת שנדחתה ולבני משפחתה לחוש עגמת נפש ותחושת כישלון ואף לעורר אי-אמון ברשויות השלטון ובתקינות פעולתן". "על הנהלת משרד החינוך להנהיג שינוי של ממש בפיקוח של המשרד על רישום תלמידות לבתי ספר במגזר החרדי ועל שיבוצן. הפעולות העיקריות שעליה לעשות הן אלה: לקבוע כללים ברורים להליכים אלה ולפרסם אותם בציבור; להתאים את תפקידי המפקחים מטעם המשרד למציאות הייחודית במוסדות החינוך במגזר החרדי ולדאוג שהם יוטמעו בקרב המפקחים; להגביר את נוכחות המפקחים במוסדות החינוך; לקבל מהנהלת האגף דיווחים תקופתיים על יישום השינויים הנדרשים בהליכי הקבלה לבתי הספר", כותב המבקר. פרק זה נחתם בדרישה: "בראש ובראשונה מוטל על הנהלת המשרד לוודא שעובדי המשרד והנהלת החינוך העצמאי פועלים בנחישות ובנמרצות כדי לעקור מהשורש כל אפליה או חשש לאפליה על רקע עדתי". בסעיפי הדו"ח מתייחס המבקר לתופעת המכסות של תלמידות ספרדיות בבתי ספר חרדיים. הוא מזכיר את הנחייתו של הרב אלישיב להקצות מכסה של שלושים אחוזים עבור התלמידות הספרדיות, מכסה שהתפרשה אצל חלק מהמוסדות כמכסת מקסימום בעוד עיריית ירושלים, לדוגמא, הבינה את ההנחיה כמכסת מינימום ובירכה עליה. המבקר מציין מקרים בהם הוקמו בתי ספר קטנים עבור בנות ספרדיות שלא התקבלו לבתי ספר חרדיים, ובכך יש לטעמו "הקמתם של בתי ספר לתלמידות ממוצא ספרדי אשר לא התקבלו לבתי הספר המבוקשים ושיבוץ מרבית התלמידות ממוצא אשכנזי בבתי הספר המבוקשים יכולים להעיד על אפליה של מועמדות בשל מוצאן העדתי". המבקר מספר שגם לאחר שממצאי הביקורת הוצגו למשרד החינוך הוא העדיף לעמוד על דעתו שקיומם של בתי ספר לבנות ממוצא ספרדי נובע מרצונו של הציבור הספרדי, ולא בחר לבחון את הנתונים האמורים ולנתח את הגורמים לקיומם. עוד קובע המבקר כי "קיומם של תקנונים שבהם נקבע שהתפילות בבית הספר יהיו בהברה אשכנזית משאיר את הקושי שעליו הצביע בג"ץ, ולפיו מדובר בדרישה שיש בה כדי להפלות תלמידות שמוצאן מעדות ספרד". פרט נוסף שמטריד את המבקר הוא דרישת מידע המעיד על מוצא משפחתה של התלמידה מבית הספר. "בשאלוני ההרשמה שנבדקו לא נדרשו ההורים לציין בפירוש את מוצאם. עם זאת הם נדרשו לציין לעתים מהו שם משפחתה הקודם של האם, היכן מתפללים ההורים ובאיזו ישיבה למד האב. בהנחיות לבתי ספר יסודיים אסר המשרד לדרוש פריטי מידע אלו משום שאינם מעידים על המועמדת עצמה אלא על משפחתה, וסביר להניח שהם נועדו ללמד על מוצא משפחתה ועל שיוכה החברתי-קהילתי".
