ביקורתו של מבקר המדינה, השופט בדימוס מיכה לינדנשטראוס, מגלה כי לא נקבעו מדיניות מחקרית ומטרות ארוכות טווח שעליהן התבססה פעילות המחקר הן בצה"ל והן במשרד הביטחון. עוד נמצא כי המחקר ההיסטורי בצה"ל, שאת עיקרו עושה מחלקת היסטוריה, אינו מקיף את כלל צה"ל ואינו מתבצע באמצעות שיתוף פעולה בין יחידות ההיסטוריה השונות. המבקר מציין כי צה"ל ומשרד הביטחון החליטו מראשית דרכם להפעיל במסגרתם ובמימונם יחידות שייעודן לעסוק בתיעוד ובחקר של ההיסטוריה הצבאית והביטחונית שלהם כחלק מההיסטוריה הצבאית והביטחונית של מדינת ישראל, ואף הסדירו את פעילותן בהוראות ארגון. המחקר ההיסטורי בצה"ל נעשה בעיקר במחלקת היסטוריה שבחטיבת תורה והדרכה, הפועלת במסגרת אגף המבצעים שבמטה הכללי. כמו כן פועלות בצה"ל יחידות היסטוריה זרועיות בחיל האוויר והחלל, בחיל הים ובחיל המודיעין. למשרד הביטחון יחידת היסטוריה משלו. מדו"ח המבקר עולה שהגורמים הללו מתנהלים ללא מדיניות מסודרת ובשל כך צה"ל ומפקדיו אינם יכולים להפיק לקחים. מסתבר שמחלקת היסטוריה מבצעת באופן חלקי בלבד את המוטל עליה בתוקף הוראות ופקודות שונות. המבקר פורט את הליקויים: 1. לפי פקודת הארגון של מחלקת היסטוריה, עליה לבצע חלק מתפקידיה באמצעות המכון לחקר ההיסטוריה ובאמצעות ועדה אקדמית. נמצא ששני גופים אלה אינם קיימים, ויש בדבר הן אי-התאמה להוראות והן כדי לצמצם ביכולתה של מחלקת היסטוריה לבצע את התפקידים שההוראות מטילות עליה. 2. מחלקת היסטוריה אינה מממשת את אחריותה המקצועית ביחידות ההיסטוריה הזרועיות. פעילותה מול היחידות הזרועיות ופעילותן של כל אחת מיחידות אלה זו מול זו נעשות באופן שונה ובנפרד, וחסר גורם מנחה, מוביל ומרכז אשר מתאם מטרות לטווח ארוך. 3. הדרישות המקצועיות, שממלא תפקיד ראש מחלקת היסטוריה נדרש לעמוד בהן, אינן מוגדרות במסמך כלשהו. 4. תכניות העבודה של מחלקת היסטוריה אינן נקבעות על סמך תכנית מטכ"לית רב-שנתית שמגדירה מראש את הנושאים לבדיקה. 5. בהיעדר הוועדה האקדמית, אין כל גורם מקצועי נוסף שיכול להשתתף בתהליך קבלת החלטה בנוגע לפרסום מחקרים, ודי בהחלטה של ראש מחלקת היסטוריה וראש חטיבת תוה"ד כדי למנוע פרסום של מחקר שבוצע במחלקה. באשר ליחידת ההיסטוריה של משרד הביטחון הוא כותב כי "קשרי יחידת ההיסטוריה של משרד הביטחון עם מחלקת היסטוריה ועם שאר יחידות ההיסטוריה הצבאיות הם רופפים. עקב כך, משנת 2000 עד שנת 2010 התקיים שיתוף פעולה מחקרי בין היחידה המשרדית ובין יחידות ההיסטוריה של צה"ל רק בנוגע לשני מחקרים". בסיכום פרק זה כותב המבקר כי "הליקויים שהעלתה ביקורת זו בתחום ההיסטוריה הצבאית והביטחונית, שמקורם בעיקר בהיעדר מדיניות ברורה לגבי המחקר בתחום ההיסטוריה הצבאית והביטחונית במשך השנים, מצטרפים למניין הליקויים בתחום השמירה על ערכי העבר במערכת הביטחון שהועלו בדוחות קודמים של מבקר המדינה". המבקר מוסיף וקובע כי "אם לא יטופלו הליקויים האמורים, לא זו בלבד שתיפגע יכולתה של מערכת הביטחון למצות את הפקת הלקחים מניסיון העבר לצורך התמודדות עם אתגרי העתיד, אלא גם לא ניתן יהיה לתעד באופן המיטבי את ההיסטוריה הצבאית והביטחונית של מדינת ישראל ולשמור כיאות על הממצאים ההיסטוריים החיוניים להמחשה ולהנחלה לציבור של המורשת ושל שלבים שונים בהתפתחות צה"ל, ועקב כך ייפגע הזיכרון ההיסטורי הצבאי והביטחוני של מדינת ישראל".
