נראה, כי בקרב צמרת חמאס אין תמימות דעים באשר לדרכה של התנועה ולצעדים בהם יש לנקוט. לאחר ההגעה להסכם הפיוס עם הפתח התגלעו בקרב שורות חמאס חילוקי דעות אשר עלולים לפגוע מבחינתם בביצוע ההסכם. זוהי הפעם הראשונה שבה חילוקי דעות בין מנהיגי חמאס וחברי הלישכה המדינית של התנועה נחשפים בגלוי, דבר אשר מאשש את הדעה הסוברת, כי התנועה אינה מאוחדת. הסנוניות הראשונות של חילוקי הדעות החלו להופיע בתגובתה של חמאס להריגתו של בן לאדן. לאחר שראש ממשלת חמאס הודיע, כי בן לאדן הינו מג'אהד (לוחם ג'האד), הבהיר חבר הנהגת התנועה בחו"ל, כי היתה זו פליטת פה. בהמשך הצהיר ח'אלד משעל מנהיג התנועה בחו"ל, כי חמאס מוכנה לתת הזדמנות נוספת לתהליך השלום, אשר התנועה התנגדה לו לאורך השנים. הצהרה זו התקבלה בהפתעה גמורה אצל חלקים אחרים בתנועה שהבהירו, כי תנועת חמאס מתנגדת לכך בתוקף. מחמוד אלזהאר ציין, כי הדבר נוגד את האסטרטגיה של חמאס המבוססת על מאבק מזויין עם ישראל. פרשנים סבורים, כי המתיחות האחרונה נובעת מהחלטתה של הנהגת התנועה בחו"ל להגיע להסכם פיוס עם הפתח מבלי להתייעץ בכך עם ההנהגה בעזה. ההסכם בא על רקע השינויים האזוריים שהביאו להדחתו של חוסני מבארכ ולקריאת תגר על משטרו של בשאר אלאסד. חמאס רואה,לטענת הפרשנים, בפיוס עם הפתח אמצעי לבניית קשרים עם המשטר החדש במצרים תוך צמצום ההסתמכות על סוריה.
