בהסתמך על ספרים ופרסומים של גורמי איסלאם רדיקאלי ואנשי אל קעידה, קלטות וראיונות שונים שהעניקו מומחי איסלאם ברחבי העולם, מפרסם מרכז המידע למודיעין וטרור שורת קווים לדמותו של אימן אלט'ואהרי, מי שמונה על ידי ארגון אל קעידה לעמוד בראשו כממשיכו של בין לאדן לאחר חיסולו בידי הכוחות האמריקאיים. על קורותיו של המנהיג החדש של ארגון הטרור הבינלאומי כותבים אנשי המרכז כי "שיח' דוקטור אימן מחמד רביע אלט'ואהרי (אבו מחמד), יליד 1951, הינו בן למשפחה אמידה, אשר בניה מלאו תפקידים בכירים בממסד הדתי במצרים. מגיל צעיר בלט אלט'ואהרי בדבקותו הדתית וכבר בגיל 14 הצטרף לתנועת האחים המוסלמים. בצעירותו הוא הושפע מהגותו של סיד קטב, דמות מרכזית באחים המוסלמים, שפיתח אידיאולוגיה אסלאמית-קיצונית, ממנה צמח הזרם הקיצוני באחים המוסלמים. אלט'ואהרי החל ללמוד רפואה באוניברסיטת קהיר (1968) וסיים לימודיו בציונים גבוהים ב- 1974. הוא השלים לימודי דוקטוראט בהצטיינות בכירורגיה באחת האוניברסיטאות בפקיסטאן. לאחר הוצאת סיד קטב להורג ע"י משטר נאצר (1966), ומעצר אלפי פעילים של האחים המוסלמים, הקים אלט'ואהרי, יחד עם מספר צעירים, תא חשאי, שפעל להפלת המשטר המצרי ולהקמת ממשלה אסלאמית במקומו (1967-1966). בשנות השבעים של המאה הקודמת, במהלך לימודיו, הוא הצטרף לארגון אסלאמי-קיצוני בשם הג'האד האסלאמי, שעמד מאחורי גל של התקפות טרור במצרים, והפך לאחד מפעיליו הבולטים. מאוחר יותר, ב-1991, הוא הפך באופן פורמאלי לראש הארגון". לאחר רצח הנשיא המצרי סאדאת נעצר אלט'ואהרי יחד עם פעילים אסלאמיים קיצונים נוספים. הוא זוכה ממעורבות ברצח סאדאת בשל העדר הוכחות, אך הורשע בחברות בארגון טרור ובאחזקת נשק וחומרי נפץ. הוא נידון לשלוש שנות מאסר אותן ריצה בין השנים 1984-1981. עוד מספרים במרכז המידע למודיעין כי בספרו "פרשים תחת דגלו של הנביא" מציין אלט'ואהרי, כי הריגת סאדאת אמורה הייתה להיות חלק מתוכנית כוללת של התנקשויות בחיי בכירי המשטר המצרי והשתלטות על תחנות שידור חיוניות באמצעות הצבא. לאחר שחרורו מהכלא המצרי נסע אלט'ואהרי לג'דה שבסעודיה שם קידם את פעילות תנועת הג'יהאד האסלאמי מחוץ למצרים. ככל הנראה בתקופה זו פגש לראשונה את אסאמה בן לאדן ומשם יצא לפקיסטאן ולאפגניסטאן, כדי לנהל משם את מערכת הג'יהאד נגד המשטר המצרי. בעת שהותו בפשאוואר, פקיסטאן, הקים אלט'ואהרי ארגון בשם "טלאא'ע אלפתח" (חלוצי הכיבוש), ששימש למעשה כזרוע המבצעית של הג'האד האסלאמי המצרי. במסגרת זו הקים אלט'ואהרי באפגניסטאן תשתית של בסיסים, מחנות אימונים ומפקדה בסיוע בן לאדן. בתחילת שנות התשעים של המאה הקודמת עבר אלט'ואהרי עם בן לאדן לסודאן, שם הקים בסיועו של בן לאדן תשתית חדשה של בסיסים. במשך שנות התשעים הוא גם בנה תשתית מבצעית בתימן ממנה ניהל שורה של פיגועי טרור נגד יעדים מצריים, במצרים ומחוצה לה. בין השאר הוא היה מעורב בשני ניסיונות ההתנקשות בחייו של ראש ממשלת מצרים וברצח התיירים בלוקסור (1997). ככל הנראה הוא היה גם מעורב בניסיון ההתנקשות בחיי הנשיא מובארק באתיופיה ביולי 1995. בשל מעורבותו בפיגועי הטרור הוא נידון שלא בפניו לעונש מוות במצרים (אפריל 1999). מעורבותו של אלט'ואהרי בטרור בשנות התשעים, לא התמקדה רק בזירה המצרית. באמצע שנות התשעים, בהוראת בן לאדן, הוא עסק גם בבניית תשתיות טרור עבור אל-קעידה בבריטניה ובארה"ב, בחיזוק המיליציות האסלאמיות-רדיקליות בבלקן, בסיוע לקבוצות אסלאמיות-רדיקליות בסומליה ואתיופיה ובסיוע למורדים בצ'צ'ניה. ב-1996 ניסה להיכנס, יחד עם שני פעילים, לצ'צ'ניה ואף נעצר ע"י כוחות הביטחון הרוסיים, אך שוחרר "מחוסר הוכחות". בראשית שנת 1998 הקים אלט'ואהרי יחד עם אסאמה בן לאדן את "החזית האסלאמית העולמית למלחמת קודש [ג'האד] ביהודים ובצלבנים". זאת הייתה התארגנות-על, שאיגדה תחתיה את אל-קעידה, הג'האד האסלאמי המצרי, וארגונים אסלאמיסטים-רדיקלים הפעילים בארצות נוספות (כגון פקיסטאן, בנגלדש, קשמיר, פיליפינים). בהתארגנות-על זאת הפך אלט'ואהרי לסגנו של אסאמה בן לאדן ול"מספר שניים" באל-קעידה. ביוני 2001 הודיע אלט'ואהרי על איחוד פורמאלי ביניהם תחת הכותרת של "(תנט'ים) קאעדת אלג'האד" - שמו הפורמאלי של ארגון אל-קעידה עד היום. במישור המעשי פתח אל-קעידה במסע טרור עולמי נגד ארה"ב, שתחילתו בפיגועי הטרור בשגרירות ארה"ב, קניה ובטנזניה (אוגוסט 1998), ושיאו בפיגועי ה-11 בספטמבר 2001. אלט'ואהרי המשיך למלא תפקידי מפתח מבצעיים באל-קעידה (ככל הידוע הוא היה אחראי על פרוייקט ייצור חיידקי האנתרקס של הארגון) וכמו כן מילא תפקיד מרכזי, אף יותר בולט מזה של בן לאדן, במערך ההסברה העולמי של אל-קעידה. בפרק העוסק בתפיסת עולמו האידיאולוגית של אלט'ואהרי נכתב כי האיש הושפע בעיקר מהאסלאם הרדיקלי של סיד קטב. תפיסה זאת ראתה במשטרים הערביים\מוסלמיים אויבים מסוכנים ("האויב מבית") לא פחות מהאויבים החיצוניים. היא הצדיקה שימוש באלימות וטרור כלפיהם, בהיותם סוטים מציווי האסלאם, משום שאינם שולטים על פי ההלכה האסלאמית (ה"שריעה"). מקור השפעה נוסף היה ד"ר עבדאללה עזאם, פלסטיני מצפון השומרון, שהפך למקור הסמכות האידיאולוגי של אוסאמה בן לאדן. עיקר תרומתו של עזאם הינה בפיתוח ומיסוד התפיסה של הג'האד כ"חובה אישית" המוטלת על כל מוסלמי. בהמשך, כך כותבים מנסחי הדו"ח, על בסיס הניסיון שצבר בעשרות שנות פעילותו הטרוריסטית, גיבש אלט'ואהרי תפיסת עולם אסלאמית-רדיקלית-ג'יהאדיסטית, שביסודה הצורך לקיים תנועת ג'האד עולמית, המתבססת על תשתית הממוקמת באיזור טריטוריאלי המשמש כ"חממה" (איזור שכזה הינו אפגניסטאן, הגם שאלט'ואהרי היה מעדיף שחממה שכזאת תיושם במזרח התיכון הערבי). מ"חממה" זאת משוגרים צעירים חדורי אידיאולוגיה אסלאמית רדיקלית לניהול המאבק האלים נגד אויבי האסלאם השונים: המשטרים הערביים\אסלאמיים ה"בוגדים", מעצמות-העל (ארה"ב – האויבת המרכזית, ורוסיה), מדינות אחרות העוינות לאסלאם (בדגש על מדינות מערב אירופה), מדינת ישראל והעם היהודי ברחבי העולם. אנשי מרכז המידע מציינים כי אלט'ואהרי מבטא בהגותו עוינות עזה כלפי מדינת ישראל בה הוא רואה חיל חלוץ של המערב הנוצרי (ה"צלבני") במזרח התיכון, וכלפי היהודים בכלל. עוד הם מדווחים כי הם מוצאים בתפיסתו מוטיבים אנטישמיים היונקים מהפרוטוקולים של זקני ציון. "אלט'ואהרי קורא לקיים ג'האד אלים נגד ישראל כדרך היחידה ל"שחרור פלסטין", ומטיף לפגוע ביהודים בכל מקום בעולם. ישראל גם מוזכרת ברשימת האויבים בהודעה של אל-קעידה על מינוי אלט'ואהרי כמנהיגו. אנו סבורים כי בעידן אלט'ואהרי צפוי אל-קעידה להגביר ניסיונותיו לפגיעה בישראל. אלט'ואהרי קרא מספר פעמים באופן מפורש למוסלמים לפגוע ביהודים גם מחוץ לישראל, וארגון אל-קעידה אכן היה מעורב, ולהערכתנו ימשיך להיות מעורב, בפיגועים נגד מטרות יהודיות ברחבי העולם. זאת במקביל לפעילותו נגד נוצרים, נגד ארה"ב ומדינות המערב ונגד המשטרים הערביים והמוסלמים".
