שיחות הפיוס בין פתח לחמאס נקלעו למשבר בעקבות המחלוקת החריפה בשאלת ראש הממשלה אשר יעמוד בראשות ממשלת האחדות. בהסכם הפיוס שחתמו הצדדים בקהיר ב-4 במאי 2011 סוכם על הקמת ממשלת אחדות, בראשות אישיות עצמאית, שתכשיר את הקרקע לקראת בחירות כלליות לפרלמנט ולנשיאות, ואולם המחלוקת על ראשות הממשלה מונעת את המשך יישום הסכם הפיוס. יו"ר הרשות הפלסטינית, אבו מאזן, דבק בעמדתו כי ראש הממשלה הנוכחי, סלאם פיאד, צריך להמשיך לכהן בתפקידו גם בממשלת האחדות, ואילו תנועת חמאס דורשת למנות את דר' ג'מאל אל-ח'ודרי לתפקיד. ח'ודרי נבחר לפרלמנט הפלסטיני ב-2006 כמועמד עצמאי שנתמך ע"י חמאס והוא עומד בראשות הוועדה לשבירת המצור על עזה. גורמים בכירים בפתח טוענים, כי העלאת שמו של ח'ודרי ע"י חמאס משמעותה פגיעה קשה בתהליך הפיוס. אחמד עסאף, מבכירי ארגון פתח, ציין כי ח'ודרי נמנה על תנועת האחים המוסלמים, הווה אומר הוא חבר בתנועת חמאס, והתמיכה בו מלמדת על גישה מפלגתית צרה של חמאס שאינה עולה בקנה אחד עם האינטרסים של העם הפלסטיני. ראש ממשלת חמאס, איסמאעיל הניה, טען בתגובה כי ח'ודרי הוא אישיות עצמאית, ואילו דווקא העלאת שמו של פיאד אינה תואמת את אווירת הפיוס שאפיינה את טקס החתימה על הסכם הפיוס בקהיר.
