מכון ירושלים לחקר שווקים מבקר בנייר עמדה מיוחד שהוא מפרסם את מינהל מקרקעי ישראל וקובע כי בארגון קיים חוסר שקיפות המנוגד לחוק ופוגע ביכולת הארגון לבצע רפורמות שיובילו ליעילות הארגון. כמו כן מציין המסמך כי בידי הקק"ל קרקעות השייכות ליורשיהם של נספים בשואה, אך בהיעדר שקיפות איש אינו פועל כדי לאתרם ולהשיב להם את רכושם. בראשית נייר העמדה מציין עמית המכון, בועז ארד, כי על פי חוק מקרקעי ישראל מחויבים המינהל והרשות החדשה האמורה לרשת את מינהל מקרקעי ישראל במסגרת הרפורמה (רמ"י) להפעיל מאגר מידע שיהיה פתוח לעיון הציבור, שבו יכללו פרטים על התקשרויות חוזיות של הרשות לגבי מקרקעין שבניהולה, אך היעדר שקיפות מונע זאת, "ישנה חשיבות רבה לפרסום מלא של כל המסמכים הנוגעים להתנהלות המינהל. עיון באתר מינהל מקרקעי ישראל מגלה שעוד רחוקה הדרך לשקיפות הנדרשת", כתב ארד. לדבריו, כ-80 החלטות בלבד מתוך יותר מ-2,600 החלטות של הנהלת המינהל זמינים לעיון הציבור באתר האינטרנט של המינהל. לא פורסמה באתר אפילו החלטה אחת משנת 2011. משנת 2010 פורסמה רק החלטה אחת, "ספק רב אם רפורמה כלשהי תצליח במצב בו חלק קטן ביותר מההחלטות ידוע ומפורסם לרבים. צעד פשוט יחסית זה של הגברת השקיפות יוביל לרפורמה ויגביר יעילות, באפשרו כניסת יזמים חדשים והגברת התחרותיות", אמר ארד. על פי האמור בנייר העמדה, התנהלות מינהל מקרקעי ישראל בעבר ורשות המקרקעין החדשה (רמ"י) חייבת להשתנות על מנת לשחרר חסמים בשוק. הנגשת כל החלטות המינהל לעיון הציבור הינה החלק הראשוני המתבקש בכל מהלך שמטרתו לפתוח את השוק. ארד מוסיף וקובע כי חוסר שקיפות מרחיק יזמים ותורם לעליית מחירי נדל"ן, ומוביל לצמיחת שכבת מתווכים 'יודעי דבר' המקורבים למינהל ('מאכרים') וגורם לניוון פוטנציאל השוק. כאמור, נייר העמדה מציג גם נתון קשה וחמור נוסף הנוגע למניעת המידע מן הציבור, ומדובר בנתון שנחשף לאחרונה כאשר הסתבר כי בידי הקרן הקיימת נכסים רבים של יורשי נספים וניצולים מן השואה שלא נחשפו לציבור ולא נעשה לגביהם כל מאמץ לאיתור הבעלים והיורשים. בתגובה לדברים אומרים במינהל מקרקעי ישראל כי עמדת המינהל היא שאכן שקיפות רצויה והוא פועל לפרסום החלטות ועדות המכרזים והחלטות ההנהלה. עוד נמסר כי "לפני מספר חודשים הניח המינהל בפני יו"ר מועצת מקרקעי ישראל, שר הבינוי והשיכון, הצעת החלטה לפיה תפורסמנה באתר האינטרנט של המינהל החלטות שלציבור עניין בהן של מועצת מקרקעי ישראל, וועדותיה והחלטות הנהלת המינהל. יו"ר המועצה ביקש לבחון אותה, קודם שתעלה לדיון".
