הנציג הישראלי בוועדת פאלמר, מנכ"ל משרד החוץ לשעבר יוסף צ'חנובר, פרסם בליל שבת את התייחסותו לדו"ח הוועדה. "ישראל אינה מסכימה עם תיאורו של הפאנל שההחלטה לעלות על הספינות נעשה באופן "מופרז ולא מתקבל על הדעת". לפאנל סופקו ראיות לאזהרות החוזרות ונשנות שניתנו לספינות בנוגע לכוונות לעלות על סיפונן. ישראל סבורה שהפאנל לא שקל מספיק את ההגבלות המבצעיות שקבעו את אופן העלייה לכלי השייט לרבות הצורך בהשתלטות מוסווית שנועדה להפחית למינימום את הסיכון להתנגדות על הסיפון", כתב. "באשר לפעולותיהם של החיילים, בהקשר להחלטות הפאנל בנוגע להתנגדות שבה נתקלו החיילים כשעלו על סיפון ה"מאווי מרמרה", ברור שהייתה סכנת חיים ממשית ומיידית. לדוגמה, הפאנל מציין כי "חיילי צה"ל נתקלו ב התנגדות אלימה, משמעותית ומאורגנת מקבוצה של נוסעים כאשר עלו על סיפון ה'מאווי מרמרה'". הפאנל אימת את העובדה שקטעי וידאו הראו שהנוסעים לבשו "אפודי מגן חסיני ירי, ואחזו במוטות ברזל, קלעים, שרשרות ואלות" ושמידע זה "תומך בדיווחים על אלימות מפי חיילי צה"ל בחקירה הישראלית". הפאנל אישר עוד ש"שני חיילים נורו", "שלושה חיילים נתפסו וסבלו התעללויות והיו בסכנה" וש"שבעה חיילים נפצעו בידי נוסעים, חלקם באורח קשה". צ'חנובר מדגיש "החיילים הישראלים פעלו בבירור מתוך הגנה עצמית, והגיבו בצורה סבירה, באופן יחסי ותוך ריסון, כולל שימוש באמצעי אל-הרג כאשר היה אפשרי. תיאור הפאנל את הנסיבות שהובילו לתשעת ההרוגים על סיפון ה"מאווי מרמרה", אינה לוקחת בחשבון במידה מספקת את המורכבות של מה שהיה בבירור מצב לחימה כאוטי. במצב כזה, קשה מאוד, ואף בלתי אפשרי, לשחזר את השתלשלות האירועים באופן מדויק. נוכח הלחימה פנים מול פנים שהתרחשה בבירור על סיפון כלי השיט, פציעות מטווח קצר אינן מצביעות בהכרח על מעשה בלתי תקין של החיילים הישראלים". לסיום הוא כותב "למרות כל זאת, ישראל מכירה בהיסטוריה המשותפת, בידידות האמיצה בת מאות שנים, ובשיתוף הפעולה בין העם הטורקי לעם היהודי, ומקווה שעבודת הפאנל בחודשים האחרונים תסייע לישראל ולטורקיה למצוא שוב את הנתיב לשיתוף פעולה".
