המדינה הגישה תגובה מקדמית לבג"ץ, בה נטען כי פסיקת בית הדין הארצי לעבודה, הפוסלת את התפטרות המתמחים, נכונה וצודקת. בתגובה נטען, כי "פסק הדין מעלה על נס את שלטון החוק, ובכלל זה את אושיות משפט העבודה הקיבוצי בישראל, את עקרון היציגות, כללי משפט העבודה הקיבוצי והפרטי, כללים המהווים תשתית הכרחית לחברה ציבורית מתוקנת. כמו כן, פסק דין זה תואם את המסגרת המשפטית הקיימת, והוא עולה בקנה אחד עם עקרונות פסיקת בית הדין הארצי כפי שהותוו בפרשת ההתפטרות ההמונית הראשונה ובפסיקה קודמת. בתגובת המדינה היא מציינת, כי המדינה נאלצת להתמודד בפעם השלישית עם הצעדים הארגוניים בהם נוקטים המתמחים, כאשר צעדים ארגוניים אלו פושטים ולובשים צורה אחרת, הגם שהמטרה נשארה אותה מטרה, והיא הפעלת לחץ מתואם ופסול על המדינה כדי שתקבל את תנאיהם לפתיחת ההסכם הקיבוצי שנחתם עם הארגון היציג ביום 25.8.2011. בפעם הראשונה (חודש יולי 2011) הרופאים המתמחים נטשו את המחלקות השונות תוך שחלקם "התחלו" ואשפזו את עצמם; בפעם השניה (חודש אוגוסט 2011), הרופאים המתמחים הגישו מכתבי התפטרות קולקטיביים באמצעות באת כוחה של עמותת מרש"ם; בפעם השלישית (חודש ספטמבר 2011), ותוך הפעלת לחץ קולקטיבי ומתואם נוסף, הגישו מכתבי התפטרות אישיים הנחזים להיות אותנטיים לכאורה, הגם שמכתבי ההתפטרות ממשיכים להיות אמצעי לחץ במאבקם אשר החל כאמור בקיץ 2011. "מדובר במאבק ארגוני החותר תחת אושיות משפט העבודה הקיבוצי, תוך שימוש בכוח אסור ובלתי מתקבל על הדעת. מדובר במאבק שבו ציבור החולים מוחזקים כבני ערובה של הרופאים המתמחים. זאת, על מנת לפתוח את ההסכם; ובכלל זה לשפר את שכרם, בעיקר שכרם של המתמחים והמומחים מאזור המרכז בלבד. זאת, על אף שהסכם קיבוצי נחתם בין הארגון היציג לבין המדינה ויתר המעסיקים ביום 25.8.2011 והסכם זה חתום וגמור ולא יכול להיות עליו כל עוררין. יתר על כן, מדובר בהסכם בעלות של עשרות אחוזים, פורץ דרך, מטפל בבעיות מורכבות של מערכת הבריאות ונוגע בשורה ארוכה של נושאים ותנאי העסקה", טוענת המדינה. המדינה מוסיפה, כי אין הצדקה להתערבותו של בית המשפט הגבוה לצדק בפסק דינו המנומק של בית הדין הארצי לעבודה (אשר התקבל פה אחד). אין בפסק הדין שיצא תחת ידו של בית הדין הארצי לעבודה כל טעות משפטית, ודאי שלא טעות משפטית מהותית. ולאור נסיבות הענין, אין הצדק מחייב התערבות של בג"צ. עוד מצויין בתגובה, כי "בניגוד ללשון הבוטה והמשתלחת של העותרים ונסיונם לטעון כי מדובר בהתפטרות אישית אותנטית ובפגיעה בזכות חוקתית של העותרים, הרי שכאשר מסירים את הכסות תחתיו חוסה העתירה, נגלה מראה אחר, אמיתי, ולפיו מדובר בהתפטרות המונית, מאורגנת, מתוזמנת, מתוכננת, ממוקדת מטרה אחת: יצירת לחץ, גדול ככל שניתן באמצעות מירב המתפטרים שניתן לגייס, על מנת להביא לידי מורא את מקבלי ההחלטות כדי שייפתח ההסכם הקיבוצי. אין מדובר במאבק על עתיד הרפואה הציבורית אלא על דרישה להעלאת שכר הרופאים במרכז. הא ותו לא".
