בעוד מתנהל דיון ציבורי ער בעניין מימון ממשלתי זר לארגונים פוליטיים בישראל, מפרסם היום 'המכון לאסטרטגיה ציונית' מחקר המציג את השפעתם של הארגונים השונים על סדר היום הציבורי באמצעות הגשת עתירות לבית המשפט העליון תוך הסתמכות במימון ממשלתי זר. במחקר מקיף הסוקר עשור שלם (2000-2009), נראה בבירור כיצד עצם הגשת העתירות לבג"צ מהווה כלי משמעותי לקידום מדיניות פוליטית. המחקר בא להתריע מפני פוליטיזציה בינלאומית של סוגיות פנים ישראליות באמצעות שימוש ציני במערכת המשפט, ההופכת לזירת התגוששות והכרעה פוליטית בין זרמים, סיעות, מפלגות וארגונים בישראל. מממצאי המחקר עולה כי לפעילותם המשפטית והציבורית של אותם ארגונים - השלכות ישירות על מספר רב של סוגיות מדיניות חוץ ופנים יחדיו. כך למשל, עתירות אשר הוגשו במימון ממשלות זרות עיכבו או השפיעו על החלטות הקשורות לסיכולים הממוקדים, חוק האזרחות, גדר הביטחון, כביש 443, נוהל שכן והתיישבות יהודית. חלק ניכר מהעתירות מבקש להושיב את מדינת ישראל על ספסל הנאשמים ולהציגה כמי שפוגעת בזכויות אדם ומבצעת פשעי מלחמה. גם כשהפסיקה נוטה בסופו של דבר לטובת מדינת ישראל, הנזק התדמיתי כבר נעשה. על חשיבות המימון לקביעת סדר היום של הארגונים תעיד העובדה כי רבים מאותם ארגונים המופיעים במחקר מצהירים שעצמאותם תלויה בכך שלא יקבלו מימון מממשלת ישראל, בעוד אין להם כל מניעה מלשעבד עצמאותם למדינות אחרות. על פי מסקנות המחקר בשל חשיבותה של המערכת המשפטית בישראל לתפקודו של המשטר הדמוקרטי במדינה, קיים צורך דחוף להגן עליו מלהפוך לכלי שרת בידיהם של גורמים חיצוניים לחברה ולמשטר הדמוקרטי הישראלי. "התערבותן של ממשלות זרות בסוגיות פנים ישראליות באמצעות בית המשפט העליון, פוגעת בריבונות המדינה, מזיקה לעיקרון אי-המעורבות של הרשות השופטת בתחרות הפוליטית, מערערת את מעמדם של הגופים הנבחרים, הכנסת והממשלה, ופוגעת בתקינות הדמוקרטיה הישראלית ומקצועיות ההחלטות המתקבלות", נאמר. "פעילותם של ארגוני זכויות אדם חשובה והכרחית בכל דמוקרטיה, ולכן יש לדאוג שפעילות של ארגונים נושאי דגל זה לא תשמש כסות למניעים פוליטיים ותישאר טהורה מאינטרסים זרים. יש להעמיד את ארגוני זכויות האדם באותם הסטנדרטים של שקיפות, נורמות ניהוליות, מקצועיות ומחקריות גבוהות, ניקיון כפיים ואתיקה, אותם הם דורשים מגופים אחרים בחברה".
