בצה"ל דוחים את טענותיו של הרב יעקב יוסף שתקף בשיעורו השבועי את הרבנות הצבאית ואמר "לצערנו ההחייל הדתי בצבא הוא כמו היתום של הצבא, אין לו אבא שידאג לו". דובר צה"ל מסר בתגובה כי רוב הפוסקים מתירים הטבעה על ספרי תורה, "הרבנות הצבאית הראשית עורכת ביקורות תקופתיות בתדירות גבוהה באמצעים שונים ביניהם לייזר ובדיקת סופרי סת"ם לספרי התורה הנמצאים ברשות צה"ל. באשר לטענה הנוגעת לחתימות על גבי ספרי התורה- הרבנות הצבאית אינה משתמשת בחתימות אלא בהטבעות בלחץ וללא דיו, הטבעה זו מבוצעת בתחתית היריעה מתחת לכתב ומותרת מלכתחילה לדעת רוב הפוסקים, כפי שהתברר בבית מדרשה של הרבנות הצבאית", דובר צה"ל הוסיף כי "המטבחים בצה"ל כשרים ברמת מהדרין גבוהה". גורם צבאי הוסיף בשיחה עם ערוץ 7 כי כלל חומרי הגלם המשמשים למזון בצה"ל נבדקים בקפידה ומגיעים עם כשרויות מהטובות שיש. הגורם הוסיף כי ברובם המכריע של המטבחים בצה"ל המפוקחים ע"י מאות משגיחי כשרות בחובה ובקבע אין אישור לבישול חלבי- מה שמצמצם את הסיכוי לבעיות כשרות. הגורם טען כי הרבצ"ר רפי פרץ לא אמר ש-80 אחוז מהמטבחים בצה"ל הם טרף ודבריו של הרב יוסף אינם נכונים. מוקדם יותר פרסמנו בערוץ 7 את דבריו של הרב יעקב יוסף, "הרב הראשי לצה"ל סיפר כי 80 אחוז מהמטבחים בצה"ל הם טרף. האם מישהו דיבר? מישהו הזהיר את החיילים שלנו תזהרו יש מטבחים שאינם כשרים? או שאותם הרבנים הצבאיים שמרו על זכות השתיקה? אם בנושא של הכשר והטרף הם שותקים, אז מה אתה מצפה מהם שבעניין ספרי התורה הם ידאגו? הם בדרך כלל נוהגים לשמור על זכות השתיקה. כל הלכה כל דין אנחנו מחפשים מה הפוסקים אומרים לנו להלכה למעשה". "לצערנו ההחייל הדתי בצבא הוא כמו היתום של הצבא, אין לו אבא שידאג לו לצערנו גם בנושא הכשרות, גם בנושא השני הם במצב לא טוב. חבל שהגענו לדבר הזה ולכן אנחנו מבקשים מאותם החיילים שמי שיש לו יראת ה' שבשבת זכור יגיע לבית כנסת שיש שם ספר תורה כשר במאה אחוז."
