רכבת ישראל הכינה תוכנית רחבת היקף לרישות שטחי יהודה ושומרון ב-11 מסילות רכבת חדשות, כך מדווח העיתון הארץ. מפת המסילות החדשות הוצגה בחודש דצמבר האחרון למועצת התכנון העליונה במינהל האזרחי, הגוף הסטטווטורי המופקד על אישור התכנון ביו"ש, אשר אמורה להמשיך את הטיפול בתכנית, כולל ביצוע תיקונים בה. מי שדחף ויזם את התכנית הוא שר התחבורה, ישראל כץ, אשר מאז שנכנס לתפקידו הכריז כמה פעמים כי בכוונתו לרשת את יהודה ושומרון במסילות ברזל ותחנות רכבת. בחודש מאי 2010 ביקר כץ בשומרון והצהיר כי יקים מחדש את תוואי רכבת העמק, אשר מחבר בין עפולה לג'נין, בנוסף הקצה השר כץ שלושה מיליון שקלים לתכנון תוואי רכבת מראש העין לשכם, שחלקו הראשון - מראש העין לאריאל - יצא לתכנון מפורט. בדצמבר האחרון קיבל כץ את אות "יקיר ההתיישבות" ממועצת יש"ע, והכריז באירוע כי הורה להנהלת הרכבת להאיץ את תכנון המסילות. לשם השוואה, אורכן של המסילות שתוכננו ביו"ש הוא 475 ק"מ לעומת מסילות הרכבת בגבולות הקו הירוק אשר אורכן הכולל כיום הוא 1,100 קילומטרים. ע"פ הדיווח בעיתון 'הארץ', הקווים המוצעים הם "ציר גב ההר", שיעבור מג'נין, שכם, רמאללה, ירושלים, מעלה אדומים, בית לחם וחברון; "ציר מסילת הבקעה", ציר אורך מזרחי, העובר במקביל לגבול ירדן - מסילה זו אמורה לחבר בין אילת, ים המלח, יריחו, בית שאן, ומשם לכיוון חיפה וסוריה. עוד מתוכננות מסילות רוחב קטנות יותר כמו "ציר שכם", "ציר שכם-טול כרם", "מסילת רמאללה- גשר אלנבי", מסילה בין ירושלים לתל אביב שתעבור ביו"ש, מסילה מירושלים ללוד שתעבור גם היא ביו"ש ומסילה מירושלים שתעקוף את רמאללה ותתחבר למסילה המרכזית. בדרום הארץ מתוכננות מסילה מקרית גת לחברון ומסילה מחברון לבאר שבע.
