בלשכת שר הביטחון מביעים שביעות רצון מטיוטת דו"ח המבקר, ובהודעה חריפה המפורסמת הערב הם מציינים כי הדו"ח חושף "שרשרת מעשים והתרחשויות חמורים ביותר שתכליתם הנגלית - לשבש סדרי שלטון ומשפט". בלשכה מציינים, כי "מהתמונה הידועה לציבור מזמן, עולה קיומה בעת האירועים של תת תרבות ארגונית מסוכנת שבה חבורה מצומצמת מאוד בצמרת צה"ל בסיוע מספר אזרחים (שפעלו בלא סמכות כלשהיא) פועלת כנגד הדרג המדיני הממונה עליו וכנגד פקודים שלו עצמו בדרכים חמורות ולא ראויות. וייתכן ועדיין בפנינו רק קצה הקרחון". "אסור שדפוסי הפעולה הללו (שלא ניתן לפרטם כעת) - הממיטים קלון על עולם הערכים ונורמות הפיקוד של צה"ל, יחזרו על עצמם. יש להתנער מהם במפורש ולעקרם מהשורש – וכך נעשה", מוסיפים וקובעים בלשכה. למרות הדיווחים, לפיהם בדו"ח לא מואשמים אשכנזי וצוותו בזיוף המסמך, מציינים בלשכה כי "דפוס הפעולה של מזייפי ומפיצי המסמך פוגע בצה"ל. מפקדים ולוחמים צעירים בצה"ל ראוי שיידעו כי עומדים בראשם מפקדים בכירים הראויים לכך. אנשי אמת המובילים אותם ברוח: "ממני תראו – וכן תעשו". "צה"ל הוא גורם מרכזי וחשוב במדינת ישראל בין היתר משום שהוא צבא א- פוליטי, שנתון תמיד למרות הדרג המדיני, גם בתקופות קשות. זוהי מהותו של "חוק יסוד - הצבא" – וכך ראוי שיהיה. דו"ח המבקר מחייב אותנו לבדק בית יסודי כדי להבטיח שערכי צה"ל ימשיכו להיות ערכי אמת נקיים - גם בדורות הבאים. וכן על מנת לוודא שהצבא איתן, מקבל באופן מוחלט את מרות הדרג המדיני, ושערכיה הדמוקרטיים של מדינת ישראל ימשיכו להישמר", קובעים בלשכת ברק. בלשכת שר הביטחון חותמים בחריפות, כי "שר הביטחון הבהיר גם כי מקריאה ראשונה של הדו"ח, אין לו (במידה מסוימת לצערו) סיבה לחזור בו מאף מילה שאמר בפומבי (או בחדר סגור) בעניין הפרשה הזאת".
