יו"ר הליכוד העולמי, ח"כ דני דנון, ביוזמה מהפכנית להעברת המנהל האזרחי ממשרד הביטחון למשרד להגנת העורף. דנון פנה לרה"מ נתניהו לקדם את היוזמה, ובאמצעות החלטת ממשלה לקבלה: "שר הביטחון ברק פוגע בהתיישבות ביהודה ושומרון באופן שוטף, על ידי הפיכת המנהל לזרוע פוגענית שמקשה על ההתיישבות ומגנה על הפלסטינים- יש להעביר את המנהל למשרד להגנת העורף", כתב דנון לרה"מ נתניהו והוסיף: "משרד הביטחון עסוק בנושאים רבים ומורכבים, והזיקה בינו לבין העבודה השוטפת עם אזרחים הינו מקרי בהחלט. בכדי להשאיר זיקה ביטחונית אך להתאים את אופי השר הממונה לעבודה עם אזרחים, יש להעביר את המנהל האזרחי לידי סמכותו הבלעדית של המשרד להגנת העורף". לדבריו, בימים כה טעונים מבחינה ביטחונית, נראה שריכוז הסמכויות במשרד הביטחון יצא מכל פרופורציה אפשרית. מחד איראן, עזה וכל האביב הערבי, ומאידך יהודה ושומרון, ועיסוק אזרחי אינטנסיבי במתרחש באותם שטחים: "הגיע הזמן לעצור את ברק מניסיונותיו לפגוע בהתיישבות ביהודה ושומרון, ולהעניק לאותם חלוצים יחס הוגן- מוסדות המדינה צריכים לפעול לטובת אזרחיה ולא לטובת הפלסטינים", אמר דנון. המנהל האזרחי מוגדר בצורה הבאה: "מוקם בזה מִנהל אזרחי באזור. המִנהל האזרחי ינהל את העניינים האזרחיים באזור, בהתאם להוראות צו זה, לרווחתם ולטובתה של האוכלוסייה ולשם הספקת השירותים הציבוריים והפעלתם, בהתחשב בצורך לקיים מִנהל תקין וסדר ציבורי". לכאורה, בהקמת המנהל הייתה מחשבה שהאוכלוסייה הישראלית, אשר מהווה חלק בלתי נפרד מאזרחי מדינת ישראל, תקבל עדיפות בטיפול מול המנהל. בפועל, מחקרים שפורסמו בשנת 2011, על ידי המנהל עצמו, מראים אכיפה סלקטיבית לטובת הערבים ביהודה ושומרון. לדוגמא, קיים הבדל של כמעט 100% באופי האכיפה של בניה בלתי חוקית של ערבים לעומת יהודים באותם שטחים. (25% מהמבנים הבלתי חוקים היהודים נהרסו, לעומת 13% בלבד בקרב הערבים): "נוצר מצב אבסורדי, שאזרחי מדינת ישראל סובלים מגוף ממשלתי מוטה פוליטית, בעוד תושבים פלסטינים, אשר ארגוני טרור שוהים בתוכם, נהנים מההפקר ורואים את אותו הגוף כמעין נציגם הלא רשמי", אמר דנון. על פי היוזמה, אשר צוברת תאוצה בקרב פעילים בליכוד, ובמועצה האזורית שומרון, כל פעולת המנהל תועבר למשרד להגנת העורף, תפקידיו יותאמו להגן גם על האוכלוסייה היהודית ביהודה ושומרון מפני הטרור הפלסטיני המשתולל, והוא יבוקר על ידי ועדת הפנים של הכנסת ולא על ידי ועדת החוץ והביטחון: "המנהל מוגדר משרד הפנים של יהודה ושומרון אך ליקויים רבים ודרך עבודה מוטעית המובלת על ידי ברק, הפכה אותו לאויב ההתיישבות", אמר דנון. נציין כי השר יוסי פלד מסתמן כמועמד הבא לתפקיד השר להגנת העורף.
