יממה לפני פטירתו הבוקר של פרופ' בן ציון נתניהו פרסם מנכ"ל בית ז'בוטינסקי, יוסי אחימאיר, באתר ערוץ 7 מאמר אודות פרס ישראל שנכון וראוי היה להעניק לו ולא הוענק לו. המאמר עורר הד רב בתקשורת ובציבוריות הישראלית. ביומן ערוץ 7 שוחחנו עם אחימאיר המעריך מדוע למרות כל הסיבות שהציג במאמרו לא קיבל פרופ' נתניהו ז"ל את הפרס. "כל ימיו הוא הודר מהאקדמיה הישראלית ולא הוכר על ידי אנשי האקדמיה אצלנו", אומר אחימאיר ומוסיף כי יתכן וגם העובדה שבנו הוא ראש הממשלה גרמה לכך, מחשש שיהיה מי שילעיז ויאמר שהפרס ניתן לו משום כך, אך שתי הסיבות הללו אינן מצדיקות, לטעמו של אחימאיר, את ההחלטה. "גם זה וגם זה לא מוצדק. אם היה מישהו שהיה ראוי לכך זה בן ציון נתניהו", הוא אומר ומציין כי במלאת 100 לפרופ' נתניהו הגיש הצעה להעניק לו את הפרס כהוקרה על תרומתו המחקרית וההגותית למדינת ישראל, אולם לא זכה ולו לתגובה מועדת הפרס. באשר להדרתו של נתניהו מהאקדמיה הישראלית אומר אחימאיר כי בעוד בעולם הוא זכה להערכה והוקרה רבה באקדמיה הישראלית העדיפו להתעלם ממנו. זאת על אף המחקר המונומנטאלי שביצע על האינקויזיציה, מחקר שתורגם לשפות שונות והופץ במספר מהדורות ברחבי העולם. "עשו לו קבלות פנים, העניקו לו אותו כבוד שוב ושוב בעולם, רק לא אצלנו", אומר אחימאיר המשוכנע שבאקדמיה הישראלית אין אפילו מי שמסוגל לתרגם את מפעלו המחקרי של פרופ' נתניהו, "אין מי שיתמודד עם העומק והידע הזה". להערכתו סיבת ההדרה הזו היא ש"הוא הפריע לכמה מיושבי מגדל השן האקדמי, בין השאר גם בגלל עמדותיו המדיניות ודבקותו בתורת ז'בוטינסקי, תורת הציונות המדינית". לעומת כל אלה, מספר אחימאיר, לא חיפש פרופ' נתניהו לעצמו כבוד. "הוא לא חיפש לו מקום כאן. היה לו מקום באוניברסיטאות בארצות הברית. שם הוא כתב מחקרים ואמר את עמדותיו ללא מורא. הוא לא חיפש כבוד וכיבודים אלא עומק ויושר". "הוא רואה אצל המכונים פרופסורים ודוקטורים שהידע שלהם אינו ידע, הפרופסורה שלהם אינה פרופסורה של אמת ולא התחבר אליהם וגם הם לא התחברו אליו", הוא אומר ומוסיף כי יתכן ובאחרונה קיבל הכרה מסוימת בעקבות תרגום ספרו על דון יצחק אברבנל. באשר לדרך בה ניתן לתקן את היחס לפרופ' נתניהו, אומר אחימאיר כי הדרך עוברת דרך קריאה ולימוד מסותיו על אבות הצינות, היכרות עם מפעלו הגדול, האנציקלופדיה העברית שם ניתן למצוא מסות ומחקרים הראויים להילמד ולהישמר לדורות. בין לבין מציע אחימאיר לכנס לספר אחד קובץ מהמאמרים שנערכו באנציקלופדיה העברית. "זהו איש גדול שחסרונו יורגש".
