מדו"ח המבקר שפורסם אחר הצהריים (שלישי) עולה, כי מדי שנה בשנה פועלים במוסדות החינוך אלפי גורמים חיצוניים המפעילים תכניות. מסקרים שהוגשו למשרד עלה, כי 36.5% מהגורמים החיצוניים הם גורמים מסחריים. המשרד לא קיבל בקשות לאישור פעילותם של חלק ניכר מהגורמים המסחריים שפעילותם בבתי הספר מותנית באישור של ועדת פרסומות. בשנת הלימודים התשע"א (2010-2011) מיפה המשרד את התכניות החיצוניות בבתי הספר ומצא מאות תכניות שמפעילות ככל הנראה חברות מסחריות. נמצא כי בידי יו"ר ועדת פרסומות לא היו נתונים על תוצאות המיפוי שעשה המשרד, הגם שיש בהן די מידע שמאפשר למשרד לאתר תכניות של חברות מסחריות שלא הוצגו לוועדה ולמותר לציין כי לא אושרו. מבקר המדינה קובע, כי "כאשר המשרד מאפשר לגורמים עסקיים להפעיל תכניות במוסדות חינוך, בלי שבחן את תוכניהן באופן מעמיק, ובלי שהתיר או אסר לקיימן, הוא מותיר, למעשה, בידי אחרים את שיקול הדעת השמור לגוף השלטוני, לרבות בעניין תוכני השיעורים ודרכי העברת המסרים לתלמידים. בהעברת הסמכות הזאת מאפשר המשרד לאותם גורמים לקבוע את התכנים ולהחדיר מסרים שיווקיים לבתי הספר". עוד נמצא, כי בשנת הלימודים התש"ע (2009-2010) התקיימו 68 סיורים של תלמידי בתי ספר במרכזי המבקרים של חברות מסחריות גדולות. היבט מרכזי בפעילותם של מרכזי מבקרים של חברות עסקיות הוא שיווק מוצרים לבאים בשעריהם. על פי מסמכי הוועדה, לא ניתן היתר לפעילות זו. ביקור תלמידי בתי הספר בלב לבה של העשייה השיווקית של חברות מסחריות עשויה לחזק בעיניהם את אמינות המסרים השיווקיים המועברים להם. כשפעילויות אלה נושאות מסרים שיווקיים ופרסומיים, הן נעשות בניגוד לדין ולהוראות המשרד. במקרים כאלה התלמידים המשתתפים הם מעין קהל שבוי של פרסומת מסחרית, שכן פעילות של כיתה במסגרת יום הלימודים מחייבת את כלל תלמידי הכיתה. מבקר המדינה בדק גם את הנעשה בחינוך הממ"ד, ומצא כי בכמה בתי ספר לא נלמדו לימודי אנגלית, זאת למרות העיקרון שקבע המשרד, עיקרון שקיבל ביטוי בחוזר המנכ"ל ובהודעת המשרד לבג"ץ בדבר החובה ללמד בבתי הספר הממלכתיים את כל מקצועות הליבה. דיווח על כך נמסר לשר החינוך ולמנכ"ל המשרד, ובעקבות כך הם החליטו להפחית מתקן בית הספר את שעות הלימוד של מקצוע הליבה שלא נלמד. עוד עלה מהביקורת, כי על אף מגמת השיפור בציונים באנגלית של תלמידי כיתות ח' בחינוך הממ"ד בין השנים התשס"ח והתשע"א, בכל אחת מהשנים היה ממוצע הציונים שלהם נמוך מאלה של התלמידים בחינוך הממלכתי. המבקר מצביע גם על בעייתיות בהפעלת תכנית ה"מלמדים" בחמ"ד. המשרד הקצה למינהל החמ"ד תקציב להפעלת "תכנית 'מלמדים'", למימון שכרם של "מלמדים" בבתי ספר ממ"ד. "מלמד" משמש למעשה כמורה בכיתה כבעל התפקיד המרכזי בכיתה או כמורה ללימודי קודש. מהביקורת עולה, כי לגבי "מלמדים" ששכרם שולם מתקציב התכנית בלבד, לא היה למשרד מידע על אודות השכלתם של כ-66% מהם; "מלמדים" שהועסקו בבתי הספר באמצעות שעות שהוקצו לתכנית, לא עברו בדיקה כנדרש בחוק למניעת העסקה של עברייני מין במוסדות מסויימים, התשס"א-2001. משרד מבקר המדינה מעיר למשרד החינוך כי פעילותם של ה"מלמדים" בבתי הספר נוגעת באופן מהותי בתחום ההוראה, ולכן יש מקום כי קליטתם במוסדות החינוך תיעשה לאחר קיום הליכי בחינה ואישור. בתגובה לדברים נמסר ממשרד החינוך כי "המינהל לחינוך דתי מוביל שורה של פעולות כדי לקדם את הישגי התלמידים בזרם הדתי, בהם: אכיפה של שעות לימודי האנגלית בכל כיתות הלימוד- לראשונה משרד החינוך קיצץ בתקציבם של מוסדות בחינוך הממלכתי דתי שלא לימדו לימודי אנגלית כנדרש בהיקף של כמיליון ₪. בנוסף מתבצע מעקב רצוף ומשותף על ההישגים באנגלית, קביעת מפגש בין מפקחים מחוזיים לאנגלית עם הנהלת החמ"ד המורחבת, הגברת המודעות והשימוש בחומרים הנמצאים באתר המפמ"ר, פניה למנהלי המכללות המכשירות מורים לחמ"ד לחיזוק מסלולי ההכשרה להוראת אנגלית". בהתייחס לעניין מעבר התלמידים למוסדות המוכר שאינו רשמי מצייניםבמשרד החינוך כי "המינהל הקים מיוזמתו ועדה לאיסוף הנתונים על מעבר תלמידים. תהליך האיסוף עדיין נמשך ותוך כדי התהליך המינהל מפיק לקחים ופועל לשינוי המצב". אשר לגרעינים התורניים מציינים במשרד כי "המינהל מקיים שיח משותף עם נציגי הגרעינים התורניים, שכן לאלה תרומה גדולה לקהילות החינוך הממלכתי-דתי בכל הארץ ובעיקר באזורי פריפריה. המינהל יחדד בכתב את מתווה שיתוף הפעולה בינו ובין הגרעינים התורניים עד לתחילת שנת הלימודים הבאה". אשר לסוגיית ההפרדה המגדרית בבתי הספר, אומרים במשרד כי "מקדמת דנא פועל הזרם הממלכתי דתי במתכונת של 3 מודלים – למידה משותפת בכיתות של בנים בנות, למידה נפרדת בכיתות של בנים ובנות ובתי ספר נפרדים לבנים ובנות. במשרד החינוך מתקיימים דיונים בנושא".
