בחמש השנים האחרונות, בימים שלפני יום ירושלים, יוצא מסע לירושלים, במסגרתו עולה ישיבת נחלים לעיר הקודש. המסע מתחלק ל-2 קבוצות: קבוצת מיטיבי הלכת, אשר יוצאים רגלית בהובלת ראש הישיבה – הרב שמואל לורנץ (סמג"ד במילואים) – מנחלים עד הכותל המערבי, מסע בן 3 ימים (כ-60 ק"מ). בקבוצה השניה נמצאת שאר הישיבה שיוצאת יום אחד אחרי מיטיבי הלכת, ומצטרפת אליהם למסלול של היומיים הנותרים. בישיבה מספרים כי בכל שנה נבחר תוואי שונה של צעידה, על מנת להכיר את הדרכים השונות ולעלות אל ירושלים במגוון מסלולים. עם הכניסה לעיר מחולקות חולצות שהוכנו מבעוד מועד לכל הישיבה. לאחר צעידה בתוך העיר, יתקיים טקס סיום ברחבת הכותל המערבי. "החוויה הערכית החשובה שעוברים התלמידים והצוות יחד, נרכשת במאמץ רב ונלמדת (גם) דרך הרגליים", אומרים בישיבה.
