דו"ח מבקר המדינה המתפרסם היום מציג את מסקנות בדיקת המבקר את עבודת המלל (המועצה לביטחון לאומי). המבקר מציין כי לצד שיפור משמעותי בעבודת המל" קיימת עדיין שורת ליקויים בפעילותו. לדברי המבקר מאז חקיקת חוק המל"ל ועד למועד סיום הביקורת "חלה התקדמות משמעותית אשר הגבירה באופן ניכר את מעורבותו של המל"ל בתהליכי קבלת ההחלטות בנושאי חוץ וביטחון של ראש הממשלה, הממשלה וועדותיה". עם זאת קובע המבקר כי "נכון למועד סיום הביקורת, ובחלוף כשלוש שנים מיום חקיקת חוק המל"ל, עדיין קיימים פערים מהותיים בין הוראות חוק המל"ל ותכלית החוק לבין יישומו בפועל". דוגמאות לפערים שכאלה מציין המבקר כי "מרבית הדיונים בנושאי חוץ וביטחון של ראש הממשלה רוכזו על ידי המזכיר הצבאי לראש הממשלה (המזכ"ץ) ולא על ידי המל"ל, המל"ל לא הכין את עבודת המטה עבור ראש הממשלה לקראת הדיונים בתקציב הביטחון, לא הכין הערכת מצב שנתית ורב-שנתית של המצב המדיני-ביטחוני כנדרש בחוק, לא בחן חלק מהפרויקטים של מערכת הביטחון בעלי השפעות משמעותיות בתחום המדיני-ביטחוני, לא בחן כלל מיזמים ביטחוניים של הגופים הביטחוניים שראש הממשלה ממונה עליהם, ולא בחן את תפיסת הביטחון של מדינת ישראל כנדרש בחוק, אלא בחן מספר סוגיות מהותיות הקשורות לתפיסת הביטחון". מבקר המדינה מעיר לראש הממשלה כי במצב זה המל"ל איננו ממלא את ייעודו כפי שביקש המחוקק להשיג וכפי שעולה מהמלצות ועדת וינוגרד ומהמלצות ועדת ליפקין-שחק, ועדיין אינו מהווה את גוף המטה המרכזי לענייני חוץ וביטחון היכול לייצר את הערך המוסף הנדרש בתהליכי קבלת ההחלטות בנושאים שהם מהחשובים ביותר למדינת ישראל. עקב כך, בנושאים רבים לא מבוצעת עבודת מטה מתכללת על ידי גורם שאינו הגוף המבצע, המביאה בחשבון את כלל ההיבטים הכרוכים בפעילות המדוברת, ולכן תהליך קבלת החלטות בדרג העליון של מדינת ישראל בחלק מהנושאים החיוניים, אשר בדרך כלל אינם גלויים לעין הציבורית, אינו מיטבי. בנוסף לכך, עקב יישום חלקי של חוק המל"ל עלולים להיפגע הראייה הכוללת בנושאי החוץ והביטחון, התאימות בין הגופים השונים במערכת הביטחון והזיכרון הארגוני בנושאים אלה. הביקורת רואה שני גורמים עיקריים שהיה בהם כדי לפגוע במימוש החוק ובהשגת תכליתו: האחד - ליקויים הקשורים לדרך ההפעלה של המל"ל על ידי ראש הממשלה כמו: (א) ראש הממשלה לא הטיל על המל"ל את ריכוז מרבית הדיונים בנושאי חוץ וביטחון ותחת זאת הטיל משימה זו על המזכ"ץ; (ב) ראש הממשלה הטיל מגבלות על העברת מידע למל"ל והחליט על אי-שיתוף ראש המל"ל בדיוני ועדת ראשי השירותים (ור"ש). השני - ליקויים הקשורים בתפקוד הארגוני ובהתנהלות הפנימית של המל"ל, כמו: (א) תחלופה תכופה של עובדים, חלקם בתפקידים בכירים; (ב) אי-איוש של תפקידים רבים וחשובים לאורך תקופות ממושכות; (ג) פעילות שוטפת ללא נהלים, וליקויים במעקב אחר החלטות הממשלה. המבקר מוסיף וקובע כי השנתיים שחלפו מאז כינון ממשלת נתניהו ועד להשלמת הבדיקה אפשרו לראש הממשלה, האחראי ליישום החוק, ולראש המל"ל לבחון מהם התהליכים הנדרשים ליישום החוק, להצביע על הקשיים ביישום החוק הלכה למעשה, ולהציע באופן סדור שינויים לביצוע, ככול שיידרשו. "ראוי היה, כי תגובש תכנית שתביא ליישום החוק בהקדם ותעמיד את המל"ל כגוף המטה המרכז את עבודת המטה של הממשלה בענייני חוץ וביטחון. יש לציין, כי נכון למועד סיום הביקורת לא נדונה, וממילא גם לא אושרה, תכנית כזו", מוסיף המבקר. המבקר ממליץ בחתימת פרק זה של הדו"ח כי "נוכח השינויים הרבים שעברו על המל"ל מאז חקיקת החוק, ראוי, כי יאוישו כל התפקידים במל"ל על מנת שהמל"ל יוכל לתת מענה בהיבט הארגוני לנדרש ממנו על פי חוק המל"ל ותכלית החקיקה. ראוי שראש הממשלה, כמי שנושא באחריות ליישום חוק המל"ל, יוודא שהכללים שנקבעו במשרד ראש הממשלה להסדרת הסמכויות בתוך משרד ראש הממשלה יתאימו לסעיפי החוק, וראש הממשלה ינחה את ראש המל"ל ואת שאר הגורמים בלשכתו להכין תכנית לסגירת הפערים בין הוראות חוק המל"ל ותכליתו, לבין יישומו, למיצוב המל"ל כגוף המטה המרכזי שלו, של הממשלה וועדותיה בנושאי החוץ והביטחון, ולאפשר למל"ל לממש בהקדם את התפקידים שהוטלו עליו בחוק". היועץ לביטחון לאומי וראש המועצה לביטחון לאומי, אלוף (במיל') יעקב עמידרור, מגיב לדברים ואומר: ''המבקר עצמו אומר שהוא בכלל לא בטוח שיש קשר בין תהליך שונה לבין תוצאות יותר טובות. מאז המשט הטורקי תוכנן עוד משט אחד ('המשט היווני'), עוד שני מטסי התרסה ועוד אירועים נוספים. התוצאה בהם אחרת. היום יש לנו עוד דברים גדולים שאנחנו מתעסקים איתם במערכת הבינלאומית. אני חושב שאם מסתכלים על כל האירועים האלה מבינים שתהליך קבלת ההחלטות הוא הרבה הרבה יותר טוב. הטיפול בכל הדברים הללו נעשה בתהליך קבלת החלטות מסודר".