סבב הבחירות המכריע לנשיאות מצרים החל ביום שבת (16.6.12) ויסתיים למחרת. 50 מיליון בעלי זכאות בחירה יקבעו מי יהיה נשיאה הבא של מצרים לאחר הדחתו של הנשיא מובארק והעמדתו לדין. המועמד המוביל הוא מוחמד מורסי המייצג את תנועת האחים המוסלמים והתנועות האסלאמיות במצרים, שזכו ברוב של 70 אחוזים בפרלמנט ולמעלה מ-80 אחוזים בבחירות לבית העליון. בסיבוב הבחירות הראשון זכה מורסי במספר הקולות הגדול ביותר ואחריו המועמד השני, מועמדה של המועצה הצבאית, אחמד שפיק, שכיהן כראש הממשלה האחרון של מצרים בתקופת מובארק. ערב תחילת ההצבעה חרקה תנועת האחים המוסלמים במצרים שיניים נוכח החלטת בית המשפט במצרים שלא לפסול את מועמדותו של אחמד שפיק לנשיאות ולפסול את בחירתם של שליש מחברי הפרלמנט המזוהים עם התנועה. בישיבת הנהגת האחים המוסלמים שהתכנסה ביום חמישי (15.6.12) הוחלט שלא לנקוט בפעולות מחאה אלימות נגד המועצה הצבאית העליונה, אלא להתמקד בשלב זה במערכת הבחירות לנשיאות. בתום הישיבה מסר מוחמד בדיע, מנהיג האחים המוסלמים במצרים, כי היעד העליון של התנועה הוא לשמור על המהפכה ולמנוע את החזרת המשטר "העריץ". הוא קרא לציבור להגיע בהמוניו לקלפיות בשני ימי ההצבעה (16-17 ביוני) לסיבוב השני והמכריע של הבחירות לנשיאות. מפלגת החירות והצדק של האחים המוסלמים, שמועמד מוחמד מורסי מתמודד בבחירות לנשיאות, הזהירה מפני חזרתה של מצרים לשלטון צבאי ולתקופה שתהיה קשה אף יותר מימיו האחרונים של הנשיא מובארק בשלטון. בהודעה שפרסמה המפלגה נאמר, כי הישגי המהפכה נתונים בסכנה אם ינצח בבחירות מועמד המועצה הצבאית אחמד שפיק, שכיהן בתפקיד ראש ממשלה בחודשים האחרונים לשלטונו של מובארק. המפלגה קראה לציבור המצרי להתגייס בהמוניו על מנת לוודא שלא יהיו זיופים בקלפיות וכי יובטח רוב למועמד המפלגה מוחמד מורסי. לקראת הסיבוב השני של הבחירות לנשיאות ניהלו האחים המוסלמים קמפיין בחירות שלילי ששלל את הלגיטימציה של אחמד שפיק כמועמד ראוי להנהיג את מצרים והזהיר מפני ניסיונות המועצה הצבאית לשחד את הבוחרים ולזייף את הבחירות. האחים המוסלמים הדגישו, כי ניצחון של שפיק בבחירות יהווה הוכחה לזיופן של הבחירות והתגובה לכך עשויה להיות במישור העממי, כלומר באמצעות חזרה לכיכרות כדי לסלק את נציגי השלטון הקודם. עד כה, נמנעו האחים המוסלמים מלהגיע לעימות חזיתי כולל עם המועצה הצבאית מתוך רצון לקבל לידיהם את השלטון בדרך חלקה.
