דרום-סודן הגישה לישראל מחאה רשמית בעניין הטיפול בסוגיית המסתננים מתחומה והשבתם לארצם. במסר הדיפלומטי שהועבר למשרד החוץ הישראלי התבקשה ישראל שלא לפגוע בכבודם של המסתננים, לא לצלם את השבתם ולהימנע מאירועים מתוקשרים הנוגעים לכך. דרום-סודן מבקשת עוד מישראל שלא להגדיר זאת מבצע גירוש. גורם מדיני מדרום –סודן אמר כי להתבטאויות של פוליטיקאים ישראלים בנושא יש משמעות קשה, והן גורמות נזק מדיני גדול. מלשכת שר הפנים אלי ישי נמסר בתגובה כי "כאשר מדובר בעתידה של מדינת ישראל ובצביונה, השר ישי אינו משחק במשחקים של כבוד", לשון התגובה. 153 דרום סודנים יצאו שלשום (ג') בלילה בטיסה חזרה לארצם. היתה זו הטיסה השנייה מאז מבצע הגירוש נגד הדרום סודנים, ובה היו בעיקר נוסעים מהערים הדרומיות - ערד ואילת, שמעתה יאלצו להסתגל לחיים באפריקה הרחוקה, במדינת דרום סודן, שהוקמה רק לפני שנה. "אני הולך למדינה שלי, יותר טוב מאשר שיגידו שלא רוצים אותי כאן", אמר אחד מהעולים על המטוס. אחרים דווקא הביעו חשש כבד מהמצפה להם. "אין לי כלום בדרום סודן, ואני בא לשם בידיים ריקות לחלוטין. אני מפחד כי המצב שם עדיין רע מאוד", הסביר דרום סודני נוסף.
