רבני "בית ההוראה לענייני ציבור" בראשותו של הרב דוב ליאור שיגרו הבוקר (שני) לכל מנהלי המוסדות ולמורים לתנ"ך בחמ"ד מכתב חריף בנוגע לתכנית הלימודים בתנ"ך. על המכתב חתומים הרב דוב ליאור, הרב אליקים לבנון, הרב מיכאל הרשקוביץ, הרב דוד חי הכהן, והרב שמעון כהן רבני "בית ההוראה". למכתב צירפו את חתימתם הרב אביגדור נבנצל וכן הרב מרדכי שטרנברג והרב יהושע צוקרמן מראשי ישיבת "הר המור". במכתב נאמר בין השאר, כי "אנו מוצאים לנכון לפנות אליכם בעקבות מידע שראינו אודות התכנית החדשה ללימודי התנ"ך בבתי הספר הממ"ד. התנ"ך הוא יסוד אמונתנו: תורה מסיני שניתנה מפי הגבורה על כל מצוותיה שנצטווינו לדורות עולם. וספרי הנבואה הכל מיד ה' ברוח הקודש, בהם ההתבוננות הראויה על האירועים כדי ללמדנו את גודל השגחת ה' על ישראל ועל הנבראים כולם". לדברי הרבנים, "הגישה ללימודים אלה טעונה ידיעה ברורה שלא לומדים 'סיפורי מקרא' או ספר היסטוריה ולא ספרות אלא מאורעות שאנו אמורים להתחנך עליהם וליישמם בחיינו עלי אדמות. בתכנית הלימודים המיועדת אין הדגשה על תכלית הלימוד הזאת. וגרוע מזה, ישנן מגמות וגישות שאינן תואמות את השקפת חז"ל תוך סילוף וגילוי פנים בתורה שלא כהלכה, שביסודן עומדות השקפות עולם מקולקלות". "אנו פונים אליכם: אנא נהגו במשנה זהירות, וכן אל תחששו להביע את הסתייגותכם ומחאתכם, כי הדברים נוגעים בחינוך הנוער, ויש כאן סכנת נפשות רוחנית, ובנפשנו הדבר. אנו מקווים מאוד שתקדישו מזמנכם למעקב ולטיפול בנושא חשוב זה וחפץ השם בידכם יצלח. עלו והצליחו ובחינוך דורות ישרים תבורכו", חותמים הרבנים את מכתבם. הרב מרדכי שטרנברג והרב יהושע צוקרמן הוסיפו, כי "הזדעזענו זעזוע עמוק לגלות שחלק מהמאמרים ויחידות הלימוד המופצים באתר של החמ"ד נגועים בביקורת המקרא ובמבט קלוקל על אישי התנ"ך הקדושים, מבט מגובה עיניים טרוטות. סבורים אנו שדרך זו לפרש את התנ"ך, שהוא קודש הקדשים של האומה הישראלית כולה, מהווה בגידה ושקר במסורת ישראל". "לא נוכל להשלים בשום אופן בצורת לימוד נטולת יראת שמים, המציגה פרשנות של חול ושל גויים. אמנם הרבה חומרים נמחקו מהאתר אבל הבאת חומרים פסולים כאלה מעידה על הכוונות האמיתיות של מחברי התכנית". כאן המקום להוסיף ולציין כי בדיון שהתקיים באחרונה בלשכתו של הרב יעקב אריאל בהשתתפות רבנים מובילים אחרים בציונות הדתית זכה החמ"ד ולימודי התנ"ך שבו לשבחים.
