עימות חריף בין בין ראש הממשלה בנימין נתניהו לבין הנשיא שמעון פרס. זאת לאחר שהנשיא הצהיר בראיונות לערוצי הטלוויזיה כי "ישראל לא יכולה לתקוף באיראן לבד". פרס טען כי ישראל לא צריכה לפעול ללא התמיכה האמריקנית. "אין לי ספק שאיראן עם נשק גרעיני היא סכנת נפשות וצריך להתייחס לעניין במלוא הרצינות", אמר הנשיא, ובהקשר של ההתנגדות האמריקנית לתקיפה בעת הזו הוסיף כי "ברור שאנחנו לבד לא יכולים לעשות את זה וצריך ללכת יחד עם אמריקה". שר בשמינייה הגיב לדברי פרס ומצוטט הבוקר בישראל היום, "הדברים מאוד חמורים, יש כאן קריאת תיגר על הדרג המדיני. בסוף הדרג המדיני הוא שמחליט, לא הנשיא שהוא דמות שאמורה להישאר ייצוגית. אמירות כאלה פוגעות בכושר הפעולה של ישראל והן גם מהוות פגיעה בדמוקרטיה". גורם נוסף אמר כי "הדברים מסכנים את ביטחון המדינה. לשמע דבריו של האזרח מס' 1 בישראל, האייתוללות באיראן יכולים להמשיך לייצר פצצת אטום ולישון בשקט בלילה". מקורבי נתניהו טענו ש"פרס שכח מה תפקידו של הנשיא במדינת ישראל, חרג מתפקידו וגם שכח שהיו לו שלוש טעויות קרדינליות הקשורות לביטחון המדינה". גורם מדיני בכיר הסביר אמש: "פרס טעה כשחשב שאחרי הסכמי אוסלו יהיה פה מזרח תיכון חדש, והתהליך גבה יותר מאלף קורבנות ישראלים. פרס טעה כשאמר שאחרי ההתנתקות יהיה שלום בעזה, ובפועל יורים משם טילים על אזרחי ישראל. הטעות הכי גדולה היתה ב-81', כשחשב שהפצצת הכור בעיראק היא טעות, ובפועל, למזלם של אזרחי ישראל, רה"מ מנחם בגין התעלם ממנו". בנוסף, הזכיר הבכיר כי "רק שלשום אמר מנהיג איראן חמינאי כי ישראל תימחק מהמפה. אסור שלמשטר הזה תהיה פצצת אטום". יו"ר הקואליציה, ח"כ זאב אלקין (ליכוד), אמר כי "חבל שנשיא המדינה חוזר להיות שמעון פרס המוכר של אוסלו ומציע לנו שוב להמר על ביטחון אזרחי המדינה ולסמוך על 'יהיה בסדר'. אי אפשר להפקיר את ביטחון המדינה למען חיבוקים ומדליות מעבר לים".
