האוניברסיטה העברית, הטכניון, אוניברסיטת תל אביב, מכון ויצמן, אוניברסיטת בר אילן, אוניברסיטת חיפה, אוניברסיטת בן גוריון והאוניברסיטה הפתוחה עתרו לבג"ץ בדרישה לבטל את החלטת מל"ג יו"ש להקים אוניברסיטה באריאל. העתירה הוגשה נגד שורת גורמים, ביניהם המועצה להשכלה גבוהה יו"ש, מפקד כוחות צה"ל ביו"ש, ממשלת ישראל, שר הביטחון, שר האוצר, שר החינוך, המועצה להשכלה גבוהה (המל"ג), הוועדה לתכנון ולתקצוב (ות"ת) והמרכז האוניברסיטאי אריאל בשומרון. בעתירה נטען כי מל"ג יו"ש חרג מהסמכות המוקנית לו, כאשר החליט בניגוד לעמדת ות"ת להכיר במרכז האוניברסיטאי אריאל כאוניברסיטה, וכי ההחלטה רוויית פגמים. ח"כ אלכס מילר (ישראל ביתנו), תקף לאחרונה את שר הביטחון, אשר מעכב כבר כמה שבועות את אישור החלטת מל"ג יו"ש על הפיכת המרכז האוניברסיטאי באריאל לאוניברסיטה. "שום עיכוב בהכרזה אינו מקובל עלינו", אמר ח"כ מילר, תושב העיר אריאל ויו"ר השדולה הפרלמנטרית להפיכת המרכז באריאל לאוניברסיטה. "אני מזכיר לאהוד ברק שבהסכם הקואליציוני של ישראל ביתנו יש סעיף של הכרה באריאל כאוניברסיטה, וכל עיכוב יקבל התייחסות בהתאם, כולל פעולות בוועדת הכספים. כל עיכוב מהווה הפרה של הסכם קואליציה", קובע מילר. נציין כי המועצה להשכלה גבוהה ביהודה ושומרון (מל"ג יו"ש) כפופה על פי חוק לאלוף פיקוד המרכז והחלטתה טעונה את אישורו. על פי הנוהל במקרים מסוג זה, מי שקובע את עמדת מערכת הביטחון הוא הדרג המדיני, כלומר שר הביטחון, ולא הדרג המבצע אותו מייצג אלוף הפיקוד.
