עד הארבעה בספטמבר על תושבי מגרון להתפנות מבתיהם, כך החליטו הערב (רביעי) נשיא בית המשפט העליון - אשר גרוניס, סגנית הנשיא - מרים נאור ועדנה ארבל. על פי ההחלטה, גם התושבים המתגוררים בשטח שנקנה לפני מספר חודשים - יפונו מבתיהם. בנוגע למבנים עצמם, החליטו השופטים, כי הם יוסרו עד ה-11 בספטמבר. עם זאת קבעו כי המבנים בחלקה 10 שלטענת התושבים נרכשה כחוק לא יוסרו עד לבירור מקיף, "לאחר שתסתיים החקירה ותיפול הכרעה בטענות הקנייניות, ולאחר שתתברר שאלת ההסדרה התכנונית, בכל השטח שנרכש או בחלקו, לא תהיה מניעה, בכפוף לכל מה שייקבע, לשוב ולבנות, אך זו הפעם – כדין", כתבו השופטים. השלושה הוסיפו "כיוון שהנחתנו לצורך העניין ובלי לקבוע כך, היא שהרכישה הייתה כדין, ניתן משקל רב לעמדתה של המדינה המבקשת לעת הזו שלא להסיר את המבנים בחלקה זו, כדי לאפשר בדיקה מקיפה של אפשרות ההסדרה התכנונית. לפיכך, לגבי התקופה הקרובה ועד לבדיקת האמור על ידי המדינה, נאפשר כפי שהציעה המדינה לא להסיר לעת הזו את המבנים שבחלקה 10", נאמר. תגובות להחלטה: ח"כ ד"ר מיכאל בן ארי (האיחוד הלאומי) אמר "אני קורא לתושבי היישוב להתנהג כמו שהבדואים היו מתנהגים אם היו הורסים צריף ברהט". בן ארי הוסיף כי "שופטי בג"ץ צבועים, אך החרבת מגרון היא באשמתם הישירה של ראש הממשלה ושל שרי הליכוד". ח"כ אריה אלדד (האיחוד הלאומי) אמר "ההחלטה מעידה שוב כי המלה 'צדק' בשמו של בית המשפט אינה אלא מצג שווא. בג"צ הוכיח שוב כי אין גבול לצביעות השמאלנית שלו. את ההחלטה לפנות את מיגרון קיבל בג"צ מתוך שהוא מקדש את זכות הקניין כל עוד היא של ערבים אבל הוא רומס אותה כאשר יהודים הם בעלי הקרקע. יש לקוות כי רבבות יבואו למיגרון. כדי למנוע עיוות זה של הצדק". סגן יו"ר הכנסת, ח"כ דני דנון (ליכוד), קרא לראש הממשלה לכנס ללא דיחוי את ועדת השרים להתיישבות ולאמץ את דו"ח אדמונד לוי כמדיניות הממשלה בנושאי ההתיישבות ביו"ש, "על ממשלת הליכוד להפסיק להתעלם מאזרחינו החיים ביהודה ושומרון. אם היה מדובר בבתי סודנים או ערבים בג"ץ לא היה מפנה אותם מבתיהם". תושבי מגרון מסרו בתגובה "זהו יום שחור למדינת ישראל יום בו נרמסות זכויות האזרח הבסיסיות של אנשי הימין. בג"צ נתן היום הכשר לפעולת תג המחיר של פקידי הפרקליטות באנשי ההתיישבות כולם. ממשלת ישראל לא תוכל לנקות ידיה מהאונס הברוטאלי אשר נעשה תחת עיניה הפקוחות בהסכמה שבשתיקה". "ביום זה מצטרף ראש הממשלה מר בנימין נתניהו לדיראון עולם, לראשי ממשלות קודמים אשר בחרו להרים יד על מפעל ההתיישבות. אנו בטוחים כי אזרחי המדינה הציונים יידעו לבוא עימו חשבון על כך. תושבי מגרון מרימים ראש ביום קשה זה ומאמינים כי ההתיישבות תגדל תפרח ותשגשג ובקרוב ממש סיפורה של מגרון ייגמר בשני יישובים לפחות!". יו"ר הבית היהודי וחבר ועדת השרים להתיישבות, השר דניאל הרשקוביץ (הבית היהודי), אמר בעקבות פסיקת בג"צ כי "ניצחונה של 'שלום עכשיו' הוא ניצחון פירוס. תנופת הבניה תימשך בכל רחבי יו"ש, ובפרט בהקמת יישוב הקבע של מיגרון בגבעת היקב - על אפם וחמתם של המבקשים להרוס את ההתיישבות". ח"כ ציפי חוטובלי (ליכוד) התייחסה להחלטה ואמרה "בית המשפט הפך היום לקבלן ביצוע של 'שלום עכשיו', והראה שזכות הקניין קיימת במשפט הישראלי לערבים ולא ליהודים. רכישת קרקעות בארץ ישראל צריכה להיות יעד לאומי, ולא לזכות לכתף קרה של גורמים פוליטיים בפרקליטות המדינה ובבית השפט העליון". יו"ר האיחוד הלאומי, ח"כ יעקב כ"ץ (כצל'ה) אמר כי "כל איש ואישה אוהבי הארץ מבינים עכשיו שממשלת הליכוד בראשות נתניהו מקפיאת ההתיישבות המכריזה על חזון שתי מדינות היא גם האחראית למחיקת יישוב יהודי בן 12 מעל פני באדמה". "מניעת חוק ההסדרה שלנו ע"י הליכוד מביאה למחייתם של יישובים שלמים בארץ ישראל - דבר שעשו ליהודים רק הגרועים שבאומות". ח"כ זבולון אורלב אמר כי "פרשת מגרון העצובה, היא פרי הבאושים של הפלת חוק ההסדרה על ידי ראש הממשלה ושרי הליכוד. אם לא יחוקק חוק ההסדרה פרשת מגרון וגבעת האולפנא הם רק קדימון העלול להתרחש עם גבעת אסף, עמונה ועוד אלפי בתים בישובי יו"ש". פעיל הימין, ברוך מרזל, אמר כי "שופטי בג"ץ יותר מסוכנים מאיראן אבל הבעיה היא שאנשי הליכוד ממשיכים לא לתת גיבוי להתיישבות ולמעשה מפקירים את המתנחלים וזורקים אותם להיות טרף לשיני הפרקליטות השמאלנית". הפורום המשפטי למען א"י אמרו הערב בעקבות פסיקת בג"ץ כי "הוכח שבג"צ מפלה יהודים ביו"ש לרעה". עו"ד יוסי פוקס אומר כי החלטת בג"צ היום הינה אפליה ברורה לרעה של יהודים, "אם היה מדובר בפלשתינאים - היתה הפסיקה שונה". "בג"צ ציווה מלכתחילה על פינוי מיגרון בשל פגיעה בזכות הקנין של הפלשתינאים, ומשזו נפתרה כשנרכשו הקרקעות הללו בידי יהודים - צצה עילת התכנון. נשף המסכות הסתיים והיום הוכח שכמו בגירוש מגוש קטיף - כשמדובר בזכויות יהודים יש אפליה לרעתם בבג"צ". בהנהגה הצעירה של האיחוד הלאומי התייחסו להחלטה ואמרו כי "שופטי בג"ץ החליטו כנראה לשכוח שהם שייכים לעם היהודי. יחד עם הפרקליטות שעושה ככל העולה על רוחה, הם עומדים להיות אחראים לפשע מיותר של גירוש יהודים מביתם. עם ישראל אינו תבוסתני כמו בג"ץ ויתקומם נגד הפשע הזה". במועצת יש"ע התייחסו הערב להחלטה ואמרו כי "אין לנו ספק שגם במגרון העילית וגם בגבעת היקב יתקיימו בסופו של דבר יישובי קבע יהודים חוקיים ופורחים. ברור לנו לחלוטין שהמבנים שיישארו על כנם יהיו הגרעין ליישוב גדול בחלקות שרכשנו ועוד היד נטויה. כך היה באלון מורה וכך יהיה במגרון". "חבל שבג"צ לא היה פתוח באמת לשמוע את עמדתנו והורה לפנות את המתיישבים גם מן החלקות שנרכשו. לא נתייאש בגלל זה. להיפך: נכפיל את המאמץ להסדיר את הקרקע גם במגרון העילית ולאכלס אותה שוב מהר יותר ממה שאנשים מדמיינים".
