מאבק השליטה בתנועת ש"ס איננו חולף, ובמרכזו עומדת השאלה מי שולט כיום במפלגה ובמוסדותיה מקרב "שלישיית ההנהגה" שנקבעה על ידי הרב עובדיה יוסף. הרב רפאל פנחסי, לשעבר חבר כנסת מטעם ש"ס וכיום מזכיר מועצת חכמי התורה, המוסד העליון של המפלגה, לא אהב את דבריו של דרעי בראיון לגאולה אבן בערוץ 1 לפיהם הוא מנהל את המפלגה. בגלי צה"ל פורסמה הבוקר (שני) הקלטה בה נשמע הרב פנחסי אומר, כי דרעי איננו מחזיק בידיו את סמכויות ניהול המפלגה, זאת למרות טענותיו בתקשורת. "לדרעי סמכויות מצומצמות בלבד. והוא מנהל מאבקים מיותרים באלי ישי – רק כי לא זכה במקום הראשון ברשימה", אמר הרב פנחסי. הרב פנחסי הוסיף בתגובה לדברי דרעי, כי "זה בלוף אחד גדול. בסך הכל העבירו לו סמכויות של בא-כח הרשימה. כיוון שהוא מנהל את מערכת הבחירות - זו סמכות שלו, אבל סמכויות של בא-כח המפלגה עדיין נמצאות אצל ישי". נזכיר כי בראיון המדובר לגאולה אבן טען דרעי, כי הוא השולט כיום בפועל בש"ס למרות ההכרזה על הנהגה משותפת, "אני היום מנהל את ש"ס. יש לנו הנהגה משותפת אבל לכל דירקטוריון חייב להיות יו"ר דירקטוריון - ואני היום לתקופה זו יו"ר הדירקטוריון. כל מה שקשור לניהול של ש"ס זה אני. כמובן יש לי חברים ואני מתייעץ איתם ומשתף איתם פעולה".
