ההסכם שנחתם בין ארגנטינה לבין איראן בנוגע לחקירת הפיגוע שאירע בבנין AMIA - מרכז הקהילה היהודית וגבה 85 הרוגים ומאות פצועים, הפתיע לרעה את ישראל, ועורר אכזבה עמוקה. שגריר ארגנטינה בישראל יזומן בהקדם למשרד החוץ בירושלים על מנת להסביר את המהלך האחרון של ממשלתו. בנוסף לכך, שגרירת ישראל בבואנוס איירס, דורית שביט, תבקש פגישה עם שר החוץ הארגנטינאי, הקטור טימרמן, על מנת שיבהיר את המניעים למהלך. עם תחילת המגעים בין המשלחות ביקש משרד החוץ עדכונים על הנושאים שנדונו שם אך לטענתו "לא זכינו לכל תשובה משלטונות ארגנטינה". "עניינה של ישראל בנושא ברור ומובן", נמסר מהמשרד. הפיגוע שאירע ב-1994 בוצע על שטח ארגנטינה נגד אזרחי מדינה זו, "החקירה של הרשויות הארגנטיניות העלתה קווי דמיון ברורים בינו לבין הפיגוע נגד שגרירות ישראל בבואנוס איירס, שנתיים קודם לכן", נמסר ממשרד החוץ. עוד ציינו במשרד כי "הקשר המוכח בין הפיגועים מקנה לנו זכות טבעית לעקוב אחר החקירות ולצפות להבאתם לדין של המבצעים ושולחיהם, בפרט כאשר אנו ממשיכים לסבול מנגע הטרור האיראני ברחבי העולם". "הרשויות בארגנטינה הצביעו על איראן כגורם העומד מאחורי הפיגוע, ואף נקטו מול אינטרפול בצעדים המתבקשים ממצאי החקירה. כעת, ההסכם שנחתם מעלה תהיות קשות: הוא מקים ועדה שהמלצותיה לא מחיבות, ומעניק למדינה שהעקבות מובילים אליה, איראן, סמכות לדחייה אינסופית של עבודת הועדה. ספק אם זו הדרך אשר תוביל לעשיית צדק", אמרו במשרד.
