בעקבות המתקפה התקשורתית על חוברת ההלכה של הרבנות הצבאית הסיר צה"ל את החוברת מאתר האינטרנט וגנז אותה. לערוץ 7 נודע כי הרב הצבאי הראשי, תא"ל הרב רפי פרץ, ספג בשעות שלאחר הפרסום ביקורת חריפה מצד קצינים בכירים בעקבות הוצאת החוברת. קצינים בכירים טענו כי פסקי ההלכה שנכתבו גורמים נזק תדמיתי כבד לצה"ל. בצה"ל כאמור החליטו "להעלים" את החוברת למורת רוחם של הרבנים הצבאיים. מצה"ל נמסר בתגובה "בצה"ל לא מתייחסים לתהליכים פנימיים". המתקפה על הרבנות הצבאית החלה בתחילת השבוע לאחר שעיתון "הארץ" דיווח כי פסק הלכה של הרבנות הצבאית, העוסק בהלכות מזוזה בצה”ל, קובע כי “התפיסה הרואה גויים כשקולים בזכויותיהם במדינה נוגדת את דעת התורה, ואין תוקף הלכתי לנציגי המדינה לפעול בניגוד לרצון התורה”. הפסק ניתן במסגרת ספר הלכה שהוציא ענף הלכה של הרבנות הצבאית, אשר הופץ באחרונה בבסיסי צה”ל. בחוברת ישנה סוגייה העוסקת בקביעת מזוזה במבנים שונים בצה"ל. בספר מופיעה השאלה “אם מבנה שמתגוררות בו חיילות חייב במזוזה? אם קצינה בכירה יכולה לקבוע את המזוזה בשעת חנוכת מבנה חדש בבסיס?”. בתשובה נכתב כי נשים חייבות במזוזה, ולכן רוב פוסקי ההלכה קבעו כי הן יכולת לקבוע אותה בעצמן. אולם, כותבים ברבנות הצבאית, מכיוון שבסיסי צה”ל הם מסגרת ציבורית “ראוי יותר להחמיר” ואין לאפשר לקצינה בכירה לקבוע את המזוזה. זאת מאחר וידוע ש”כל כבודה בת מלך פנימה... במסגרת ציבורית ראוי יותר להטיל את קביעת המזוזה על איש”. נזכיר כאן את דבריו לערוץ 7 של הרב הצבאי הראשי לשעבר, תא"ל אביחי רונצקי, לפיהם הפרסום ב'הארץ' לא נועד אלא להרחיק את הציבור הישראלי מהיהדות. הרב רונצקי סיפר כי שוחח עם בכירים ברבנות הצבאית אודות החוברת המדוברת והתברר לו כי כחלק מהלימוד העיוני תורני נדונה שאלת חיובם של מבנים צבאיים במזוזה ובשם גדולי ישראל הובאה הקביעה שמי שאינו יהודי אינו שותף מלא בנכסי המדינה. את ההערה הזו מצאו לנכון אנשי 'הארץ' להפוך לכותרת במגמה להרחיק את הציבור מהיהדות, וכך גם את הצבא כולו. "כוונת העיתון היא ליצור מדינת כל אזרחיה, למנוע מהמדינה להיות מדינה יהודית ולשם כך עושים שימוש בכל אמצעי", אמר הרב רונצקי.
