מבקר המדינה מציג נתונים מטרידים באשר לתפקודו של מערך הגיור בישראל וקורא לתיקון שורת ליקויים המונעים את ישומו של היעד הממשלתי של הגדלת מספר המתגיירים בישראל. המבקר קובע כי למרות המשאבים הרבים שהושקעו בשנים האחרונות במערך הגיור, מספרם של המתגיירים מקרב התושבים שאינם יהודים לפי ההלכה, לא עלה, ואף ירד, כך שאגף הגיור לא עמד ביעד העיקרי שנקבע לו בהחלטת הממשלה. באשר להשקעות המדינה במערך מזכיר המבקר כי ממשלת ישראל החליטה על הקמת מערך גיור ממלכתי כדי להגדיל את מספר המתגיירים מקרב אוכלוסייה זו. בשנת 2003 החליטה הממשלה על העברת מערך הגיור הממלכתי לאחריות משרד ראש הממשלה, ובשנת 2005 הוקם בו אגף גיור. בשנת 2009 מונה מנהל לאגף הגיור. "מאז מינויו לתפקיד, חל שינוי ניכר בסדרי עבודתו של אגף הגיור: נקבעו נוהלי עבודה ודפוסי פעולה חדשים, גם בכל הנוגע לשיפור השירות למתגיירים; הוקמה מחלקה לרישום נישואין למתגיירים; הוקמו בתי דין נודדים המגיירים את העולים מאתיופיה במרכזי הקליטה; והופעלה תכנית ייחודית להכנה לגיור של עולי אתיופיה. ניכר כי נעשתה עבודה יסודית לצורך שיפור עבודת האגף בכלל והיחס למתגיירים בפרט". המבקר מזכיר כי מספרם של המתדפקים על דלתה של היהדות עומד על למעלה משלוש מאות אלף אזרחים. הוא מזכיר ומציין את דבריו בעבר של ראש הממשלה לשעבר אהוד אולמרט ולפיהם לא מקובל מצב בו חיים בישראל כ-350,000 אזרחים לא יהודים אשר בחרו בישראל כמקום מגוריהם, בחרו לקשור את גורלם בגורל העם היהודי, ואולם לא נוצרו הכלים והאפשרות לצרף אותם לעם היהודי. לנוכח הנתונים שאינם מלמדים על עלייה במספר המתגיירים קורא המבקר לאגף הגיור לבחן "בשיתוף אנשי מקצוע וגופים נוספים שעוסקים בתחום הגיור, את הגורמים לאי-עמידה ביעד שנקבע בהחלטת הממשלה מ-2008, במטרה לפעול להשגתו ולמנוע נשירת מתגיירים תוך כדי הליך הגיור". "על אגף הגיור ועל משרד המשפטים לסיים בהקדם את התהליך לתיקון כללי הדיון שהחלו בו ולהגיש לרב הראשי לישראל הצעה לתיקון הכללים בהתאם להליכי הגיור המתבצעים הלכה למעשה, ולהסדיר את התשתית הנורמטיבית הדרושה", כותב המבקר. בהמלצות הסיכום שלו מוסיף המבקר וכותב כי "על אגף הגיור לנקוט פעולות שיבטיחו את הסדרת הליך הגיור במובנים נוספים, ובכללם: הבטחת טיפול סדיר ושוטף במערך המשפחות והקהילות המלוות וקידום הקמת התשתית למערך ארצי של משפחות וקהילות מלוות; קיצור משך ההמתנה לטבילה במקווה הטהרה ולהנפקת תעודות הגיור. גם בהיבטים מינהליים שונים, שעלולים להשפיע על מעמדם האישי של מתגיירים, נדרש האגף לפעול: לאתר ולרכז את מסמכי הגיור של כלל המתגיירים. כן עליו לטייב את מערכת המחשוב שלו, ובכללה את הממשק לנתוני רשות האוכלוסין, לשפר ולייעל את הפיקוח והבקרה שלו על מכוני ההכנה לגיור ואת מערך התמיכות הכספיות בהם". על כל אלה קורא המבקר למשרד ראש הממשלה לפעול לאלתר לבחירתו של ראש מערך הגיור ולהסדיר את העסקת כוח האדם במחלקת מילות וטבילות באגף הגיור". עוד קורא המבקר לאגף הגיור "לעקוב אחר פעילותה של ועדת החריגים המטפלת בבקשות לגיור של נתינים זרים, שחלקם הם בני זוג של אזרחים ישראלים. כן עליו לפעול, בשיתוף עם משרד הפנים ועם משרד המשפטים, ככל שימצאו לנכון, לעריכת שינויים בנהלים שנקבעו לעבודת הוועדה, ולפרסמם". לדבריו "על הנהלת בתי הדין הרבניים לוודא שהנחיות הרב הראשי בדבר הכרה בגיור שנעשה שלא במסגרת מערך הגיור הממלכתי יבוצעו במלואן, ולהבטיח את קיומו של מסלול בלעדי, אחיד וסדור להכרה בגיורים הללו. על אגף הגיור להביא בפני ראש מערך הגיור והרב הראשי את הנתונים הנוגעים לקטינים מאומצים שהליך גיורם לא הושלם, שכן אם הם התחילו את ההליך משמע שגילו בו עניין. ועל כן יש לבחון אם ניתן לסייע בהשלמת הליך הגיור. כמו כן, ראוי לנתח את הסיבות לנשירתם על מנת לצמצם מקרים כאלה בעתיד. על אגף הגיור להבטיח את המשך השיפור בשירות הניתן למתגיירים ולפעול בנחישות ובמרץ לתיקון מכלול הליקויים שהועלו בדוח, בייחוד לנוכח רגישותו של הליך הגיור הנוגע במעמדם האישי של המבקשים להתגייר". ח"כ ד"ר עליזה לביא (יש עתיד) התייחסה לדו"ח מבקר המדינה בנושא הגיור ואמרה כי "כל מי שעוסק בתחום הגיור בשנים האחרונות, לא אמור להיות מופתע מתמונת המצב העגומה שעולה מדו"ח מבקר המדינה". "הכשלים הם לא טכניים ולא תקציביים, אלא כשלים מהותיים. במקום לחבק את המתגיירים ולהקל עליהם את ההליך עד כמה שניתן, המערכת רק מערימה עליהם יותר ויותר קשיים. כשגיורים מתבטלים רטרואקטיבית, כשרשמי נישואין לא מכירים בגיורים צבאיים, וכשמתגיירות נאלצות לעבור הליך משפיל בזמן הטבילה, מה הפלא שמספר המתגיירים ירד ב50%?". "כבר ביום שני הקרוב יתקיים בוועדה למעמד האישה דיון מיוחד, אליו זומנו כל הגורמים העוסקים בנושא הגיור, על מנת לזהות את הכשלים ולגבש דרכים לפתרון". ארגון רבני צהר מסר בתגובה, "ראוי שהרבנות כזרוע של המדינה תבצע את מה שעושה צהר בהתנדבות". חשוב להדגיש, מוסיפים בצהר, כי בני זוג שאינם מצליחים להוכיח בזמן את יהדותם, לעיתים, בלית ברירה, נאלצים להינשא בחו"ל. עוד מוסיפים בארגון כי דו"ח המבקר מוכיח שמערכת הרבנות בישראל זקוקה לרפורמה שמציעה צהר.