הרב הראשי לישראל, הרב יונה מצגר, נחקר מאז שעות הבוקר ב יחידה הארצית לחקירות הונאה בלוד. גורמים במשטרה דאגו להזמין את העיתונאים והצלמים למשרדי היחידה בטרם בואו של הרב כדי לצלמו נכנס לחקירה, "מדובר בהתנהגות מנוולת של המשטרה", אמר גורם המקורב לרב לערוץ 7, "יש גורמים במשטרה שמדליפים כל פרט בחקירה כדי להכפיש את הרב". לדברי הגורם, המשטרה מנהלת יחסי ציבור למענה ולקידומה בתקשורת כחלק מהניסיון לבלום את הביקורת הקשה נגדה אתמול בעקבות בריחתו של עד המדינה בפרשת הברנוער. אתמול נחקר הרב במשך עשר שעות. בתום החקירה, שוחרר הרב מצגר למעצר בית למשך לחמישה ימים. נאסר עליו לצאת מהארץ וליצור קשר עם מעורבים בפרשה. כמו כן, הוא התחייב להתייצב לחקירה לכשיידרש. הרב הורחק ממשרדו בשבועיים הקרובים. בנוסף לרב מצגר נעצרו שלושה חשודים נוספים במעורבות בפרשה: חיים איזנשטט, שמחה קרקובסקי ובן ציון ציוני. איזנשטט הוא נהגו ועוזרו האישי של הרב. השניים הנוספים הם מנהלי עמותות ובמשטרה חושדים שהיו שותפים פעילים לעבירות בהן חשוד הרב. קרקובסקי וציוני חשודים באיסור הלבנת הון, הסתרת מקור רכוש ומתן שוחד. איזנשטט חשוד בקבלת דבר במרמה בנסיבות מחמירות, מרמה והפרת אמונים, לקיחת שוחד, איסור הלבנת הון והסתרת מקום הרכוש. מעצרם של השלושה הוארך בחמישה עד שבעה ימים.
