מזכיר ועדת הבחירות לרבנות הראשית, הרב חזקיהו סאמין, התפטר מתפקיד זה, לאחר שנטען נגדו כי ניסה להשפיע על הרב ציון בוארון, המתמודד על כהונת הרב הראשי הספרדי - להסיר את מועמדותו. הרב בוארון, חבר בית הדין הרבני הגדול, הוא המועמד בו תומך הרב הראשי היוצא, הראשון לציון הרב שלמה עמאר, זאת לאחר שהתברר כי הרב עמאר עצמו לא יוכל להתמודד על הכהונה. בש"ס חוששים מאוד מהתמודדותו של הרב בוארון, אשר עלולה להזיק נזק רב למועמדו של הרב עובדיה יוסף, אשר יהיה אחד משני בניו, הרבנים יצחק יוסף ואברהם יוסף. לסגן שר הדתות, הרב בן דהן, הגיע דיווח לפיו הרב סאמין, המשמש ביומיום בתפקיד מנהל תחום נישואין ורבנים במשרד הדתות, והרב בנימין אטיאס רבה של פתח תקווה ואחיו של יו"ר סיעת ש"ס אריאל אטיאס, נפגשו עם הרב בוארון והפצירו בו להסיר את מועמדותו בטענה שהדבר גורם צער רב לרב עובדיה יוסף. אולם על פי הדיווחים הרב בוארון סירב לבקשה. גורם במשרד הדתות סיפר לערוץ 7, כי לאחר שהדבר נודע לסגן השר הרב בן דהן הוא הורה למנכל המשרד, אלחנן גלט, לערוך לרב סאמין שימוע ולברר אם הדבר אכן אירע. סאמין טען בשימוע כי הגיע לרב בוארון בעניין אישי וכי לא היה בבית הרב בוארון יחד עם הרב אטיאס, אולם הסכים להעברתו מתפקידו על מנת לשמור על טוהר הבחירות. לאחר שהתברר כי הרב סאמין אכן נפגש עם הרב בוארון הורה סגן השר הרב בן דהן להעביר את סאמין מתפקידו, זאת על מנת לשמור על טוהר הליך הבחירות לרבנות הראשית. במקומו של סאמין מונה למזכיר הועדה אפרים אנטמן, מנהל תחום תמיכות ועזבונות במשרד.
