שר הביטחון, בוגי יעלון, החליט הערב (שני) להכיר מחדש בישיבת הר ברכה כישיבת הסדר. כזכור, שר הביטחון הקודם, אהוד ברק, ביטל את ההסדר עם ישיבת הר ברכה בשל דבריו של ראש הישיבה, הרב אליעזר מלמד, נגד פינוי יישובים. ברק החליט באותה עת, באופן חד צדדי, לבטל את ההסדר עם ישיבת הר ברכה ולהוציאה ממסלול ישיבות ההסדר. למרות המאמצים שנעשו, סירב ברק להיענות לדרישה להחזירה למסלול. בישיבת הר ברכה בירכו על ההחלטה של שר הביטחון יעלון להחזירה למסלול ההסדר. איגוד ישיבות ההסדר בירך על ההחלטה, "בהחלטת השר יש אמירה ברורה של מערכת הביטחון כנגד המלעיזים והמתקיפים את ההסדר". מנכ"ל האיגוד, איתן עוזרי, בירך על חזרתה של הישיבה בהר ברכה לשורות ההסדר ועל ההכרה בישיבות החדשות בגבעת אולגה ובאופקים, "הישיבות הפרושות בכל רחבי הארץ הם חלק ממפעל ציוני לאומי חי ופועם שפועל למען המדינה והחברה 365 יום בשנה". השר אורי אריאל אמר, "אני שמח ומברך על החלטת ידידי שרת הביטחון משה יעלון להשיב את הר ברכה להסדר. לא היה צריך לבטל מלכתחילה את ההסדר עם הישיבה, שמחנכת את חייליה לשירות משמעותי ואיכותי בצה"ל ואף לאחר מכן במצוינות בשוק העבודה. ברכות לישיבה ולרב אליעזר מלמד העומד בראשה". ראש מועצת שומרון, גרשון מסיקה אמר בעקבות ההחלטה, "אני מברך על ההחלטה של משרד הבטחון, שהיא למעשה תיקון של עוול שנעשה לישיבת הר ברכה לפני זמן רב. אנחנו עמדנו ונמשיך לעמוד מאחורי ישיבת הר ברכה, שהתלמידים הלומדים בה עומדים בחזית ומשרתים ביחידות המובחרות ביותר בצה"ל, והעומד בראשה עושה ימים כלילות למען עם ישראל ומדינת ישראל". בישיבת ועדת החוץ והביטחון שהתקיימה אז, סיפר ראש אכ"א דאז, האלוף אבי זמיר, כי לאחר אירוע הנפת השלט בהשבעת טירוני גדוד שמשון נפגש עם הועד הרבני של איגוד ישיבות ההסדר, ודרש מהם לברר עם הרב אליעזר מלמד, ראש ישיבת הר ברכה, את דרכו החינוכית. עוד סיפר כי במהלך תחקור האירוע נתקל בספרו של הרב מלמד, ממנו עולה בבירור כי הרב קורא לסירוב כל פקודה הקוראת לגירוש יהודים. נציג ישיבות ההסדר, הרב דוד סתיו, טען באותה ישיבה כי מעשה כזה אינו אלא מעשה בלתי דמוקרטי שכן לא ניתן למנוע מרבנים להביע את עמדותיהם בפני תלמידים. עוד טען הרב סתיו כי עד כה לא שמענו על קריאה לשלול רישיון ממוסדות אקדמיים כמכללת ספיר ומוסדות אחרים שאליהם נשלחים חיילי צה"ל להשתלמויות שונות ובהם נקראות קריאות הסתה נגד צה"ל על ידי מרצים.
