מנכ"ל משרד הבריאות הורה לסגור את בית החולים הפרטי נווה יעקב בנובמבר 2012, וזאת לאור חשדות להתעללות והזנחת חוסים שהביאו לפשיטה מתואמת עם המשטרה לחקירת החשדות. כמו כן, דרש המנכ"ל תוכנית פעולה לסגירת שני המוסדות הנוספים הפועלים במתכונת דומה של בית חולים פרטי, לחוסים עם תחלואה כפולה (פיגור ובריאות הנפש) "אילנית" ו"נווה שלווה". שני בתי חולים אלו יסגרו עד סוף שנה זו. עוד הורה מנכ"ל משרד הבריאות על מינוי צוות בדיקה במטרה להפיק את הלקחים המתאימים ולמנוע הישנות המקרה. על מטרות הועדה נמנו: בחינת אופן טיפול המשרד בתלונות המשפחות וארגון ב"זכות", בחינת אופן הבקרות שנערכו והתגובה לתיקון הליקויים, התקשורת ותאום מול גורמים רגולטוריים נוספים. חברי צוות הבדיקה נבחרו מתחומים שונים : מנהל רפואי, בריאות הנפש, משפט, עבודה סוציאלית ועוד. הליקויים שנמצאו: חוסר תיאום בין האגף לבריאות הנפש לבין המחוז, השלמת ארוכת שנים עם סטנדרטים נמוכים של הפעלת בית חולים, שיהוי בניסיון לשקם את בית החולים ואכיפה לא מספיק נחרצת על בית החולים. צוות הבדיקה הצביע על מגוון נושאים ראויים לתיקון ביניהם: סגירת המחלקות הפסיכיאטריות הסגורות בבתי החולים הפרטיים, הקמת מחלקות מומחיות לטיפול בחולי "תחלואה כפולה" (פיגור ובריאות הנפש) בבתי חולים ציבורים, ובכלל בחינה מחודשת של מסגרות הדיור מחוץ לבתיה"ח לבריאות הנפש ("מגורים טיפוליים") במטרה להגדיר מסגרות מותאמות יותר לקהילה ושיקום. הסדרת המבנה ההיררכי בקשרי מחוזות מטה במשרד הבריאות: הוועדה ממליצה לשנות את מנגנון הניהול של המחוזות בנושאים שאינם בריאות הציבור ולקשרם ישירות למשנה למנכ"ל או למנכ"ל. הצוות המליץ למנות במחוזות ובאגף לבריאות הנפש אחראי על פניות של בני משפחות החולים. הצוות המליץ להנחיל את ערך הקשר עם המשפחות לכלל מערכת בריאות הנפש, לעגן את התהליכים הנדרשים לשם כך בנהלים ברורים ולפקח באמצעות בקרות על קיומם. מנכ"ל משרד הבריאות, פרופ' רוני גמזו, אימץ את המלצות צוות הבדיקה. יודגש כאמור, כי התקבלה ההחלטה לסגור את בתי החולים הפסיכיאטריים הפרטיים שנותרו, כבר לפני מספר חודשים, מדובר בשני מוסדות בלבד שההתקשרות איתם צפויה להיפסק בסוף שנה זו. יש צורך בהשקעה באוכלוסייה מיוחדת זו של תחלואה כפולה נפש ופיגור ומשרד הבריאות מוביל בימים אלה מדיניות מותאמת לקבוצת אוכלוסייה זו. שרת הבריאות, יעל גרמן, קראה בדאגה רבה את הדו"ח על נווה יעקב ומוטרדת מאוד מנורות האזהרה שעולות בו, ומהזרקור שהוא מאיר על תחום בריאות הנפש. בעיקר היא מוטרדת משתי מסקנות עיקריות,שמופיעות בדו"ח: הראשונה: מכך שיש למצות את פוטנציאל השיקום, מצומצם ככל שיהיה, גם לחולים שלהם תוחלת שיקומית נמוכה מאוד. והשנייה: מקביעת הדו"ח כי ניכרת הזנחה ארוכת שנים עם סטנדרטים נמוכים של טיפול בחולים והשלמה עם תנאים פיזיים קשים. לדבריה: "המדינה לא נתנה עד היום את תשומת הלב הראויה ואת המשאבים המספיקים כדי לטפל בתחום בריאות הנפש, ובפרט בבתי החולים הפסיכיאטרים, בין היתר משום שמדובר באוכלוסייה נעלמת ונאלמת, שקולה לא נשמע. התחום כולו מחייב חשיבה מחודשת, ובכללה השקעה של משאבים כספיים ומשאבים אנושיים, לרבות השקעה גם בחולים עם תחלואה כפולה- מחלת נפש ופיגור".
