בית המשפט העליון דן הבוקר (שני) בעתירה נגד מועמדותו של הרב שמואל אליהו לכהונת הרב הראשי לישראל. בדין ישבו נשיא העליון השופט אשר גרוניס, השופט יורם דנציגר והשופט צבי זילברטל. נציגי העותרים טענו בבית המשפט, כי "מי שמסית לגזענות ואינו מביע דעה לגיטימית בשוק הדעות אינו ראוי לכהן כרב ראשי לישראל. נגד הרב הוגש כתב אישום אך הוא נדחה. בעצם האפשרות שאנחנו נותנים לרב אליהו להתמודד אנחנו נותנים לגיטימיות לגזענות". השופט גרוניס תהה בתגובה לטענות העותר, מתוקף איזו סמכות מינהלית ניתן לפסול את מועמדות הרב אליהו. נציג המדינה טען בדיון, כי "לוועדת הבחירות יש סמכות טכנית בלבד. הוועדה לא בדקה ולא בודקת מעבר לזה הן במשור העובדתי והן במישור המשפטי". נציג המדינה הוסיף, כי נציגי ועדת הבחירות לא מכירים פנייה כל שהיא לגבי הרב אליהו כמו שהעותרים טוענים. לעניין המהותי טען נציג המדינה, כי "צירפנו את עמדתו של היועץ המשפטי לממשלה שסבור שיש קושי משפטי בבחירתו של הרב אליהו והוא איננו ראוי למשרת הרב הראשי". עם זאת ציין נציג המדינה, כי "לאור נכונות הרב להבהיר את דבריו יש התלבטות קשה בעניין זה. אנחנו לא יודעים אם הרב אליהו ייבחר ולכן אנחנו רואים בעתירה עתירה תיאורטית. בשל כל הנימוקים הללו אנחנו סברנו כי העיתוי הוא לאחר קבלת ההחלטה ורק לאחר שהרב אליהו יבחר". פרקליטו של הרב אליהו עו"ד ד"ר אביעד הכהן, טען בבג"ץ כי "דבריו של הרב אליהו נידונו בשבע השנים האחרונות 3 פעמים בבית המשפט הזה בשלוש עתירות שונות, העתירות נידחו פעם אחר פעם. מדובר זכות יסוד לבחור ולהיבחר. כיום החוק איננו מאפשר לפסול אדם מלהיבחר ולכן אין זכות לוועדה לפסול אדם מלהיבחר. הרב אליהו מכבד כל אדם והדברים נאמרו על אויבים". השופטים הודיעו כי ההחלטה תינתן מאוחר יותר.
