בראיון ליומן ערוץ 7 התייחס סגן שר החוץ, חבר הכנסת זאב אלקין, לסוגיית שחרור המחבלים ולמערכת היחסים המורכבת עם האיחוד האירופי לאור ההחלטה שלא לחתום על שיתוף פעולה מחקרי כל עוד הוא מותנה בהחרמת יהודה שומרון והגולן. בראשית הדברים נשאל חבר הכנסת אלקין אם משהו במידע המצוי בידו יכול לרכך במעט את ההתנגדות הציבורית למהלך שחרור המחבלים, ואם קיים מידע מסווג שיכול לפצות במשהו על המחיר הכבד שבשחרור. אלקין מזכיר שוב את התנגדותו למהלך ומציין כי ניסה לשכנע את חבריו השרים להתנגד בהצבעה, אך לצערו באופן אישי לא יכול היה להצביע ולא הצליח למנוע את ההחלטה הממשלתית. לדבריו במעשה חמור שכזה אין מה שיכול להרגיע את המתנגדים. "אני מתרעם על תפיסה שלפיה שחרור מחבלים מקרב את השלום ובניית גן ילדים מונע את השלום. אם הם מבקשים כצעד ראשון את שחרור הרוצחים זה אומר משהו על סדרי העדיפויות שלהם", אומר אלקין ומציין כי בדיקה שנערכה גילתה כי המשכורת הגבוהה ביותר ברש"פ, אף יותר ממשכורותיהם של אנשי הביטחון הפלשתיניים, היא המשכורת שמשולמת למחבלים הרוצחים הכלואים בכלא הישראלי. לדבריו בעוד שכרו של איש ביטחון פלשתיני נעה בין 3000 ל-4000 ₪ הרי שמשכורת שמקבל ממחבל רוצח כלוא נעה בין 10,000 ל-12,000 שקלים. עוד מוסיף סגן השר אלקין ומציין כי חמור לגלות שככל שהמעשה שעשה המחבל חמור יותר משכורתו גבוהה יותר, וגם בכך יש כדי להבהיר את סדרי העדיפויות של הרש"פ. "יש כאן מסר חינוכי מאוד בעייתי". אלקין מציין כי לו היו מציעים שחרור מחבלי אלקעידה לאמריקאיים על מנת לקיים קשרים כאלה או אחרים עם גורמים באפגניסטן הרי שהצעה זו הייתה מושלכת מכל המדרגות, אך "כאשר הקהילייה הבינלאומית בצביעות מאמצת את התפיסה הפלשתינית זו בעיה מאוד גדולה. יש פה עיוות ויש פה צביעות". אלקין נשאל אם ידוע לו למה התכוון השר יעלון על כך שבעתיד יתברר מדוע הוצרכה ממשלת ישראל לבצע את השחרור. אלקין מצידו לא מוכן לקבל הסברים מסוג זה. "אני מתייחס בסקפטיות להתבטאויות מסוג כזה. גם כשהייתה הקפאה הבטיחו לנו שתהיה משמעות. עד היום אני מחפש את המשמעות הזו. אני חושב שזו הייתה שגיאה גדולה. כך אמרו גם בהתנתקות ואחר כך גילינו את הרקטות שעפות מעזה. אני סבור שלא זו המשמעות שהתכוונו אליה. אני לא אומר שאני יודע הכול ושאני חשוף לכל המידע אבל אלו נימוקים בעייתיים ויש כאן בעיה מבנית מוסרית עמוקה בשחרור מחבלים ואני לא מוצא דרכים להסביר זאת". עם זאת מציין אלקין כי ברגע שבו התקבלה החלטה שכזו והוא לא החליט לעזוב את הממשלה הרי שגם הוא נושא באחריות. ההתנגדות, אומר אלקין, "לא פוטרת אותי מאחריות על ההחלטה השגויה הזו. האחריות למתנגדים זהה לאחריות שמוטל על התומכים". באשר לדו"ח השופט שמגר, דו"ח שנכתב כבר לפני כשנתיים וטרם פורסמו פרטיו אודות המחיר שעל ישראל להסכים לשלם תמורת שחרור חיילים חטופים, מחיר שמעבר לו לא תהיה ישראל מוכנה לשלם, אלקין אינו נכנס לסוגיית הצדק שבשמירת הדו"ח בחשאי, אם כי גם הוא קובע כי יש בו קווים אדומים שיהיו טובים יותר מאלה שקיימים כיום. לעומת זאת אלקין אינו סבור שפרסומו של דו"ח ישרת בהכרח את ממשלת ישראל שכן אויביה של ישראל מודעים לכך שממשלות ישראל נתונות ללחצים בינלאומיים ואחרים ואין דו"ח שיוכל לכבול את ידיה של ממשלה. "מאז עסקת ג'יבריל הוכחנו שאפשר ללחוץ אותנו ואנחנו נכנעים", אומר אלקין ומוסיף כי מי שהיה הראשון להבין את משמעות הדברים ולבקר את התנהלותה זו של ממשלת ישראל היה נתניהו עצמו שניסח בספרו את הדברים בבהירות ובנחרצות. לשאלה 'מה קרה לנתניהו' משיב אלקין ואומר שהלחצים הבינלאומיים מביאים את ראש הממשלה לתמרן בין האפשרויות השונות. בהמשך דבריו התייחס אלקין גם להחלטת ממשלת ישראל שלא להיעתר לדרישה האירופית להחרים את יהודה שומרון הגולן ומזרח ירושלים, גם במחיר ויתור על שיתוף פעולה מחקרי שיכול היה להוסיף לקופת האקדמיה הישראלית סכומים נכבדים. אלקין מחלק בין האפיק הכלכלי של ההחלטה לבין אפיק שיתוף הפעולה הבינלאומי. לדבריו הסוגיה הכלכלי אינה משמעותית כל כך ו"אם לא נחתום הנזק לא גדול כל כך". זאת כיוון שבמקביל לקבלת הכספים האירופיים ישראל גם משקיעה מכספיה שלה ולעיתים היא מוצאת שהשקיעה יותר משקיבלה. הדברים תלויים בהיקף המחקרים ובתוצאותיהם. במקרים בהם מרוויחה ישראל מדובר ברווח של כעשרים מיליון יורו שזה אמנם סכום נכבד אך "לא בשמיים", כהגדרת אלקין. לעומת זאת המשמעות הגדולה היא בממד שיתוף הפעולה הבינלאומי והעמידה ברף בינלאומי. לדבריו בסוגיה זו הפגיעה תהיה משמעותית והוא כלל אינו מקל ראש וקובע כי משום כך עדיף שיתוף פעולה עם האירופים. עוד מזכיר אלקין כי המדינה היחידה מחוץ לארצות האיחוד האירופי שיש לה אפשרות לחתום על שיתוף פעולה שכזה היא ישראל וזאת משום איכות המחקר והאקדמיה שבה. אלקין מציין כי החרם האירופי אינו רק על יהודה ושומרון כפי שהשמאל מדגיש בפרסומיו אלא על כל מה שמעבר לקווי 67' כלומר "הר חוצבים והגבעה הצרפתית שבה יש מעונות של האוניברסיטה העברית שווים בדיוק לאלון מורה". לטעמו ישראל אינה יכולה לשנות את עמדות האיחוד האירופי אך עם זאת גם על האירופים להבין שישראל משקיעה כספים ומשאבים בשיתוף פעולה זה ולא ניתן לאפשר למצב שבו חברות ישראליות יצטרכו לחתום על "תעודת יושר" שקובעת שלא יחברו לפרויקטים מעבר לקו הירוק. אלקין מזכיר כי החוק הישראלי שקיבל את חקיקת חוק החרם אוסר על החרמה מסוג זה ומשום כך ישראל אינה יכולה להרשות לעצמה לפעול בניגוד לחוק שחקקה, מעבר להיות הדרישה הזו פגומה מוסרית. לנוכח עמדה זו סבור סגן שר החוץ כי יש להבהיר לאירופית את המורכבות ואת המחלוקת ולדרוש כבוד הדדי בו כשם ישראל לא תכפה על האירופים להשקיע במקום שלא ירצו כך לא יוכלו הם לכפות על חברות ישראליות שלא להשקיע במקומות שבהם הן מעוניינות להשקיע. במידה ויסרבו לכך האירופים וידרשו שהשותפים הישראליים יהיו מחויבים למגבלות שהאירופים מבקשים להטיל על עצמם "אז אנחנו בבעיה. חד משמעית. אני לא רוצה לייפות את הדברים". אלקין מזכיר עמדתו זו שהובילה להחלטת הממשלה התקבלה על ידי הימניים והשמאליים בממשלה, בניגוד לתחזיות התקשורת שצפתה ויכוחים סוערים בין "ההזויים מימין כמו אלקין ובנט וידרשו להחרים את האירופים ומולם השקולים מ'יש עתיד' ידרשו לחתום בכל מחיר ובכל מצב. אבל המציאות מורכבת יותר, וגם ההזויים מימין רוצים לחתום עם האירופים אבל לא בכל מחיר ולא בכל תנאי, וגם השמאלנים כביכול מבינים שיש כאן מדינה ויש דברים שאי אפשר לעשות אותם ועל האירופים להתגבש".
